刑事诉讼法第5条规定，人民法院依照法律规定独立行使审判权，人民检察院依照法律规定独立行使检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。

该原则主要具有以下含义：

1.人民法院行使审判权，人民检察院行使检察权，在法律规定的职责范围内都是独立的，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。但是，需要注意的是，人民法院、人民检察院依法独立行使职权，仍然需要接受党的领导，接受各级人民代表大会的监督，并应当自觉接受人民群众、社会舆论的监督。

2.人民法院行使审判权和人民检察院行使检察权，必须严格遵守宪法和法律的各项规定。人民法院、人民检察院必须严格遵守法律的规定，既要遵守实体法，也要遵守程序法，按法定程序和规则行事。

3.人民法院、人民检察院作为一个组织整体，集体对审判权、检察权的行使负责。在我国独立行使审判权、检察权的主体是人民法院、人民检察院，而不是某个审判员或检察员个人独立行使审判权、检察权。需要指出的是，在2013年11月12 EI通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中，提出要健全司法权力运行机制，明确指出要“改革审判委员会制度，完善主审法官、合议庭办案责任制，让审理者裁判、由裁判者负责。明确各级法院职能定位，规范上下级法院审级监督关系”。可见，如何促进司法权的科学合理行使将是今后司法改革的一个重点。

人民法院和人民检察院在上下级关系上有所不同。人民检察院上下级之间是领导与被领导的关系，上级人民检察院有权就具体案件对下级人民检察院作出命令、指示。独立行使检察权实质上是指整个检察系统作为一个整体独立行使检察权，这在理论上又被称为检察一体化。与检察系统不同，人民法院上下级之问是监督与被监督的关系，各具体法院在具体案件的审判过程中独立行使审判权，包括上级人民法院在内的其他人民法院无权干涉。上级人民法院对下级八民法院的监督必须通过法定的程序进行，如改变管辖、在第二审程序中撤销错误的判决等。

在国外，与人民法院、人民检察院依法独立行使职权原则相对应的是司法独立原则。司法独立原则作为现代法治的一项基本原则，源于资产阶级启蒙思想中的三权分立学说，即国家权力分为立法权、行政权、司法权，由议会、总统（或内阁）法院分别独立行使，彼此分立，互相制约。按照西方学者的解释，司法独立，一方面是指司法权相对于国家立法权和行政权是分离的、独立的，法院作为司法机关独立于立法机关和行政机关，依法独立行使司法权，不受其他权力和机关的干预；另一方面，法官审判案件时，作为个体也是独立的，只依照法律和良心，独立对案件作出判断，不受任何机关、人员的干预。从这个意义上讲，司法独立也就是法官独立。我国的政治制度与三权分立的政治制度不同，然而，国家权力的适度分工与制衡的原理，作为防止权力腐败和滥用、保障国家生活有序运行的机制，在我国也是同样适用的。当然，我国的司法机关不单指法院，也包括检察院。与西方国家相比，尽管具体含义有别，但整体独立意义上的司法独立，即人民法院、人民检察院作为一个整体独立于其他机关、团体和个人而依法行使职权，在我国也是同样得到强调的。