中央司法机构为刑部、大理寺、都察院。一改隋唐以降的大理寺、刑部、御史台体系。

　　（1）明代刑部增设十三清吏司，分掌各省刑民案件，加强对地方司法控制；清代刑部是清朝中央的主审机关，为六部之一，执掌全国“法律刑名”事务，下设十七清吏司分掌京师和各省审判事务，还设有追捕逃人的督捕司、办理秋审的秋审处、专掌律例修订的修订法律馆。刑部是清朝最重要的司法机构，在处理全国法律事务方面一直起主导作用，主要负责：一是审理中央百官犯罪；二是审核地方上报的重案（死刑应交大理寺复核）；三是审理发生在京师的笞杖刑以上案件；四是处理地方上诉案及秋审事宜；五是主持司法行政与律例修订事宜。

　　（2）明代大理寺掌复核驳正，大理寺发现有“情词不明或失出入者”，驳回刑部改判，并再行复核。如此三改不当者，奏请皇帝裁决。依清律规定，大理寺的主要职责是复核死刑案件，平反冤狱，同时参与秋审、热审等会审，如发现刑部定罪量刑有误，可提出封驳。

　　（3）明代都察院掌纠察。主要是纠察百司，会审及审理官吏犯罪案件。设有十三道监察御史。都察院司法执掌主要有以下几方面：一是复核或审理直隶、各省及京师职官犯罪案件；二是复核或审理直隶、各省及京师斩绞监候案件；三是奉旨监察御史巡按直隶、各省地方，对职官犯罪奏闻皇帝裁决，民人案件或亲审或交两司审理，“大事奏裁，小事立断”。清承明制，都察院是全国最高监察机关，负责督察百官风纪、纠弹不法，同时负有监督刑部、大理寺之责。如刑部、大理寺发生严重错误，可提出纠弹，亦可参与重大案件的会审。法律教育 网

　　中央上述三大司法机关统称“三法司”。对重大疑难案件三法司共同会审，称“三司会审”。

　　（4）地方司法机关。明朝地方司法机关分为省、府（直隶州）县三级。沿宋制，省设提刑按察使司，“掌一省刑名按劾之事”，有权判处徒刑及以下案件，徒刑以上案件须报送中央刑部批准执行。府、县两级仍是知府、知州、知县实行行政司法合一体制，掌管狱讼事务。明代越诉受重惩。明朝还在各州县及乡设立“申明亭”，张贴榜文，申明教化，由民间德高望重的耆老受理当地民间纠纷，加以调处解决，有力地维护了社会秩序。

　　在清代，地方司法分州县、府、省按察司、总督（及巡抚）四级。其中州或县为第一审级，有权决定笞杖刑，徒以上案件上报。一般而言，有关田土、户婚、斗殴诸般“细故”，均由州县自理，但命盗重案，州县初审后，应将人犯并案卷一并解赴上级机关审理。府为第二审级，负责复审州县上报的刑事案件，提出拟罪意见，上报省按察司。省按察司为第三审级，负责复审各地方上报之徒刑以上案件，并审理军流、死刑案的人犯，对于“审供无异”者，上报督抚，如发现有疑漏，则可驳回重审，或改发本省其他州县、府更审。总督（或巡抚）为第四审级，有权批复徒刑案件，复核军流案件，如无异议，定案并谘报刑部。对死刑案则须复审，并上报中央。