出资是股东对公司的主要义务，因此出资凭证是确认股东身份的实质性证据，但实际上，出资行为的证据并不是确认股东资格的主要依据，而工商登记等形式化的证据则是主要证据，这是为什么呢？这一问题来源于股东资格取得的法律依据——公司法的团体法性质。从法院审判的角度而言，在确认有限责任公司股东资格的标准问题上，最常见的方法是通过形式化证据与实质性证据两种证据形式，来确认某一当事人是否具有或者取得股东资格。
      形式化证据是指通过一定的证据外观和载体予以识别的证据。团体法中的形式化证据，除了具有书面记载外，还与一定的法定程序有关。公司法类型的纠纷案件中所说的形式化证据是指具有法律效力的文件并通过一定的程序予以公示的证据，如公司章程、公司股东会决议、股东名册等。如设立公司时的公司章程，须由全体发起人股东共同签署，并经工商行政管理部门登记；公司股权发生变动时，亦应当对公司章程修改作出决议并作相应的变更，才能成为形式化证据。
      须指出的是，一些仅仅有法律效力但未经过一定的程序予以公示的文件，不足以作为形式化证据，如出资协议书、出资证明书、股份转让协议等。此外，形式化证据须具有相关性、合法性以及最低限度的真实性，即被记载者本人知道或者同意记载，如果被冒名记载则不具有真实性。
      实质性证据是指投资者通过出资行为而取得的证据，包括公司或其他出资人出具的出资证明书或认可的事实出资行为。出资证明书虽然为书面形式，但是由于其没有经过公示程序，仅由其他出资人或公司出具，故其只是投资者出资行为的证据，而不具有形式化证据的特征和功能。
      在如何确认股东资格的证据问题上，应当按照形式化证据一般优先适用，而实质性证据例外适用的原则，原因是形式化证据的优先适用与团体法追求的价值目标相适应。团体法律关系的稳定要求公司设立、存续、股东资格应当保持适当的稳定性，这是交易安全的基础。公司法作为最典型的团体法，其所追求的价值目标是团体法律关系的稳定，公司与相对人、股东与股份购买人之间的交易安全与交易的效率。
      首先，公司的建立、社团财产的归属、权利能力和行为能力的取得不仅需要由社团成员有共同的意思表示，而且须经一定的法定程序登记、公示，形成对公司、股东、董事等的约束力，保持公司内部法律关系的稳定性。所以，形式化证据要求是公司法作为团体法对公司设立、变更、股东资格取得的法律要求在证据形式上的反映。
      其次，表面上看，股东资格的取得与变更由股东出资或受让便可以实现，但实际上股东权是公司作为社团内部权利与权力的核心，股东可以决定公司的设立、变更与解散，决定公司的经营方向等重大事项，因此，股东资格便与公司交易相对人的风险与利益密切相关。
      最后，公司法为实现对交易效率的追求，要求公司的营业、资本构成、股东、董事等事项具有形式化的外观并通过法定的形式和程序进行公示，从而避免交易的无效与浪费。无论是股东对公司进行投资，还是公司与相对人之间的交易都以追求利益最大化为其最终目标，如果因股东出资不实而直接否定其股东资格，或者因实际出资者与公司章程、股东名册上的股东名单不一致而轻易否定显名的股东资格，势必导致公司内部法律关系的改变或者公司人格的否定，这不仅对公司与交易相对方的安全造成威胁，而且造成整个社会交易的低效率或无效率。
      实质性证据由于不具有形式化证据的特征和证明功能，只是证明某个主体有出资行为，而实际的出资行为并不当然取得股东资格，故只有在特定情况下才作为认定股东资格的证据。当形式化证据与实质性证据相冲突时，应优先采用形式化证据作为认定股东资格的证据。
      因此，不能以是否支付股权转让款作为判断受让股权人是否取得股东资格的标准，而是应当结合其他股东意见、工商登记变更情况等多种因素做出综合判断。