基本案情
张某于1998年进入某照明电子（上海）有限公司从事质量检验的工作，双方在合同中明确约定了张某的月工资；同时，在《员工手册》中约定“加班工资的基数为基本工资的70%”，某照明电子（上海）有限公司也是按照《员工手册》的规定来支付加班费。2011年6月张某离职，并于同年8月申请劳动仲裁认为单位支付加班工资基数不符合法律规定，要求单位支付在职期间所有加班工资差额部分。
争议焦点
1、 单位规章制度中约定的加班工资基数是否有效？
2、 劳动者是否可以主张在职期间的所有加班工资差额，是否有时效和举证责任的限制？
案情分析
1、《上海市企业工资支付办法》第九条之规定，假期工资的计算基数按以下原则确定：劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准确定。
同时，上海市高级人民法院《民一庭调研与指导》 民一庭调研指导【2010】34号明确规定：“用人单位与劳动者对月工资有约定的，加班工资基数应按双方约定的正常工作时间的月工资来确定；如双方对月工资没有约定或约定不明的，应按《劳动合同法》第18条规定来确定正常工作时间的月工资，并以确定的工资数额作为加班工资的计算基数。
综上所述，根据上述法律规定，加班工资基数应当按照用人单位与劳动者约定的正常工作时间月工资确定。
因此，用人单位在规章制度中规定的加班工资基数低于上述标准，那么违反法律的强制性规定，属于无效的条款；用人单位应当按照法律规定的标准补足加班费差额部分。
2、根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
也就是说，劳动者要从知道或应当知道权利受到侵害之日起算。但是加班费从法律的角度来说属于劳动报酬，那么根据规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受上述仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
综上所述，涉及加班费的仲裁时效应当自劳动关系终止之日起一年内提出都是受到法律保护的。
3、员工可以在劳动关系终止之日起一年内提出要求单位支付加班费差额，是不是说员工在职期间的加班费差额部分就应当全部得到法院的支持呢？
这个问题涉及到关于主张加班费的举证责任问题。
根据现行法律规定：
（1）应当由劳动者提供证据材料证明其存在加班的事实；比如工资单、考勤卡；
（2）如果劳动者证明相关的证据材料由单位掌握，那么单位应当提供。根据现行的法律规定，用人单位有义务提供员工离职前2年内的工资单备查。如果单位不提供，将承担不利的法律后果。
在本案中，劳动者提供了在职期间所有的工资单，其工资单上列明的加班费部分得到了法院的认可，用人单位按照这个标准支付加班费差额部分。
若劳动者没有保留工资单，则用人单位需要提供两年的工资单，劳动者只能获得就这两年的加班工资差额部分。
审理情况
市仲裁认为双方在合同中明确约定了张某的月工资，那么根据法律规定，应当按照张某的月工资标准作为加班工资基数来支付加班费，张某已经提供了在职期间的工资单，证明了加班时间和工资，公司未足额支付加班费，应当补足差额。
单位不服上诉至闵行区人民法院，一审法律审理后认为“根据规定，加班工资基数应以劳动者月正常出勤所得工资作为加班工资计算基数，月工资出勤工作中包含有福利性待遇的，予以相应扣除”。公司未足额支付加班费，应当补足差额。
风险提示
该公司的《员工手册》长时间未进行修改，劳动合同法在司法实践中法律变化很快，上海市高级人民法院内部指导意见专门对这个问题进行了说明，明确了合同中对工资有约定的，应当按照工资来支付加班费，具体的内容与一审法院中判决写明的理由相同。因此，作为用人单位应当掌握最新的劳动法律，并根据法律的变化及时修改相应的规章制度，避免相应的风险。