一、基本案情

原告A诉称：2000年5月22日，某电子中心与某研究所签订了《合作开发协议》，约定双方合作开发“电气X系统”，研究所负责部份的工期应在2000年7月底完成，造价不超过10万元。系统研制成功后，成果归双方共有。同时约定违约金为5万元。后电子中心、研究所与原、被告四方签订了《协议书》，约定合作开发协议的权利义务分别转让给原被告承担。协议签订后，电子中心提供了15万元的研发资金和相关技术条件，全面、正确地履行了合同，但研究所不积极履约，造成研发工作的延误和费用超支，直至2001年7月才完成其负责的部份，应承担违约金5万元。合同权利义务转让后，该违约责任应由被告B公司承担，同时根据成果共有的约定，被告应向原告提供由其负责部份有关的技术资料和必要的技术指导，但至今拒不交出，导致合同目的不能实现。原告诉请法院解除上述《合作开发协议》及《协议书》，并判令被告支付违约金5万元及承担本诉全部诉讼费用。

被告B公司辩称其已向原告交付了相关技术资料并提供了技术指导，被告并无重大违约行为，上述两份协议不应被解除。同时被告反诉称原告在2002年初单方面以共有技术成果向国家知识产权局申请发明专利并经初步审查合格。被告知悉后，2002年11月4日与原告签订了《协议书》，约定原告应于2002年12月4日前撤回发明专利申请，逾期被告将追究其违约责任。但原告至今未撤回申请。被告以双方已受让全部权利义务的《合作开发协议》第七条为据，诉请法院判令原告支付违约金5万元并由原告承担反诉诉讼费用。

原告A公司承认其至今未撤回发明专利申请，但辩称《合作开发协议》第七条约定的违约责任不适用于双方后来签订的《协议书》，并且原告未按期撤回发明专利申请并未给被告造成损失，其承担违约责任的方式首先应是实际履行而非支付违约金。

法院查明：2000年5月22日，电子中心与研究所签订《合作开发协议》，约定有双方分工合作开发“电气X系统”、研制经费的支付及数额、工期、技术成果的权属、后续合作、违约责任等内容；2002年11月4日，电子中心、研究所与原、被告四方签订《协议书》约定有合作开发协议的权利义务分别转让给原、被告承担等内容，并确认、协商了相关事宜。

二、法院认为：

关于被告B公司应否承担支付5万元违约金的责任问题，I法院认为：

其一，根据合同法原理，承担违约责任的前提是合同一方不履行或不正确履行合同义务。《合作开发协议》第二条虽约定有“样机制造费用由甲方负责，乙方负责研制部分造价不超过10万元”的内容，但探究其性质，不是针对研究所的义务条款，而是针对作为合作开发一方的电子中心的投资条款，即其对对方负责研制部分投资不超过10万元。后其超出合同约定的数额继续支付研制费用实为一种追加投资的行为，不是对方的违约行为。因此原告称被告研发超支应承担违约责任的意见不能成立。

其二，关于原告认为被告超期完成研发项目也违约的意见，法院认为《合作开发协议》约定了被告完成研发项目的履行期至2000年9月，超过该期限如果被告没有完成研发，原告就应知道合同约定的权利受到侵害，就有权要求被告承担违约责任，但至2002年9月之前原告都未提出权利主张，且这期间也无法律规定引起诉讼时效中断、中止的任何情形，因此原告的该主张已过法律规定的两年诉讼时效，不能得到实体权利的支持。

其三、违约责任条款在合同中是一个独立条款，它不等同于权利义务条款。一个合同仅转移权利义务到新的合同，而不是整个合同并入新合同，那么原合同中的违约责任条款并不当然也随之转移。因此，《合作开发协议》的权利义务虽由电子、研究所分别转让给本案原被告，但可能由研究所承担的违约责任并不当然地转移给被告。

综上几点，法院认为被告B公司不承担支付5万元违约金的责任。

针对本案两份协议的解除问题，原告指出被告不交出由被告负责研制部份的技术资料导致原告不能共有该技术成果，违反了两份协议关于成果共有的约定，导致成果共有与继续合作的合同目的不能实现。原告还当庭提交一份落款日期为2003年9月24日的原告要求解除合同的通知。被告辩解称其已向原告交付有关资料，否则原告无法进行技术成果鉴定及申请专利。合同目的也已基本实现，不具备解除条件。对原告要求解除合同的通知，被告不予认可。

法院认为，根据《中华人民共和国合同法》第九十六条规定：当事人一方依照本法第九十三条第二款、第九十四条的规定主张解除合同的，应当通知对方。合同自通知到达对方时解除。对方有异议的，可以请求人民法院或者仲裁机构确认解除合同的效力。据此，如果原告要单方行使解除权，仅需通过通知行为便可实现，法院在对方未通过诉讼提出异议的情况下不应主动审理，因此该诉讼请求不在法院裁判本案的权限之内。

关于被告反诉的原告违约未撤回专利申请的事实，原告予以承认，仅对违约责任承担方式产生异议。法院对原告违约事实予以确认。至于原告违约责任承担方式，法院认为不适用被告所引用《合作开发协议》第七条8万元违约金的约定。理由在于：《合作开发协议》第七条约束的是双方在合作开发X系统过程违约行为的责任承担方式，未涉及申请专利之事，因此原告违反后来签订的《协议书》的约定未撤回专利申请的行为不在《合作开发协议》第七条的约束范围内，况且《协议书》第五条第1点对此行为单独、直接作了违约责任的约定，只是约定不明罢了。两个协议的违约责任条款指向事项不同，虽然第二份协议明确了第一份协议权利义务的转让，但权利义务条款与违约责任条款均为合同的独立条款，因此不是对第一份协议所有内容的当然承继。故被告反诉请求也不能成立。

综上，根据《民事诉讼法》第六十四条“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据”的基本规定，以及最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果”之规定，判决如下：

驳回原告A公司的诉讼请求。