1.管辖不同。仲裁是协议管辖，而法院诉讼是强制管辖。仲裁以当事人双方自愿为原则，必须有双方事前或事后达成的仲裁协议，仲裁机构才能依法受理，并在此种情况下，法院无权受理此案件；而法院诉讼不必得到另一方当事人的同意或者双方达成诉讼协议，只要－方当事人向有管辖权的法院起诉，法院就可以依法受理争议案件。仲裁不实行地域管辖和级别管辖，而法院诉讼实行地域管辖和级别管辖。当事人双方有权选择任一合法成立的仲裁机构进行仲裁，不同的仲裁机构之间无任何隶属关系；而诉讼只能依法向有管辖权的法院起诉，当事人无权选择法院。
 
　　2.仲裁庭和法院审判庭的组成方式不同。仲裁可由当事人约定仲裁庭的组成方式并自主选定或者委托指定仲裁员，而法院诉讼当事人不能选择审判庭的组成方式和审判员。
 
　　3.审理不同。除特殊情形外，诉讼实行公开审理，而仲裁注重保护当事人的商业秘密，一般实行不公开审理。
 
　　4.制度不同。仲裁实行一裁终局制度，不存在上诉或再审，也不得向法院起诉。当事人只有提出证据证明仲裁裁决确实存在《中华人民共和国仲裁法》第五十八条所列情形之一，经中级人民法院审查核实，方可依法裁定撤销仲裁裁决；而我国法院诉讼实行两审终审制，当事人不服法院判决可以上诉或者申诉。
 
　　5.境外执行不同。法院判决在境外执行一般需要判决地国与执行地国签订有司法协助条约，或者有共同确认的互惠原则；仲裁裁决在境外执行，如果是在《承认及执行外国仲裁裁决公约》的缔约国执行，则会比较方便。