协议离婚制度是婚姻法中一项重要制度，在现实生活中发挥着不可替代的作用，但随着社会的发展，客观条件的变化，该项制度在立法及运用中遇到一些无法解决的问题，日益显示诸多缺陷。
1、离婚程序使恶意离婚者有机可乘。现今，一些当事人为种种目的，设法规避有关的法律，钻政策的空子，搞假离婚或进行恶意离婚。其最突出的表现就是借离婚逃债、逃避计划生育。实践中“离婚不离家”、“财产一人占，债务一身担”的恶行令人痛绝，为社会唾弃。为什么这些当事人会得逞呢？最重的的原因就是协议离婚制度规定当事人只要自愿，即可离婚，而对是否确属自愿缺乏审查评判的标准。不可否认，离婚协议书在一定程度上表明了当事人自愿离婚的意思，但决非就能证明当事人确属自愿离婚。由于婚姻登记管理条例没有规定登记机关具体的审查内容和程序，导致恶意离婚、假离婚者屡屡得逞，凭离婚协议对抗债权人，对抗人民法院的审判和执行，假离婚者则堂而皇之地与他人结婚，或“合理”、“合法”地生育，长此以往，还有什么法律的严肃性，社会的文明正义可言？
2、离婚协议缺乏强制执行力。夫妻双方离婚，就要涉及到子女抚养、财产分割、债务分担等一系列问题，男女双方协议离婚，按照协议离婚制度的有关规定，必须就上述三方面问题进行全面约定，否则，婚姻登记机关将不予受理离婚申请。但当事人达成的离婚协议书在获准离婚后又不具有强制执行力。当一方或双方不自愿履行义务，对方无权申请婚姻登记机关或人民法院强制执行，只能依照婚姻法管理条例第十七条的规定重新起诉，这种诉讼在某种意义上说为当事人的合法权益提供了法律保障，但重新起诉无疑费时费力，与协议离婚制度简便、易行、高效的原则相悖。此外，协议离婚不利于债权人债权的实现。
3、婚后的监督措施不便操作。为保障协议离婚的真实性、合法性，防止假结婚、恶意离婚，现行的婚姻登记管理条例第二十五条规定：“申请婚姻登记的当事人弄虚作假、骗取婚姻登记的，婚姻登记机关应当撤消婚姻登记、对结婚、复婚的当事人宣布其婚姻关系无效并收回结婚证，对离婚的当事人宣布其解除婚关系无效并收回离婚证，并对当事人处以200元以下的罚款。”这条规定实质上就是对违反协议离婚制度的当事人的监督处罚措施。在一定程序上对预防和制止假离婚、恶意离婚发挥着作用，但这一措施缺乏操作性，易流于形式。首先，骗取离婚登记缺乏具体、明确的标准。其次，协议离婚制度对骗取离婚登记的当事人只能处以200元以下的罚款，不能从根本上制止该行为。再次，对再婚者难以发生作用，实际生活中，夫妻一方为达到与他人结婚的目的，编造种种理由欺骗另一方，直至与其达成离婚协议，对此如按现今的协议离婚监督措施，婚姻登记机关可应另一方的申请，宣布原解婚姻关系的登记无效，但再婚的男女均将构成重婚。显然，此种情况下宣布婚姻登记无效将是进退两难的。
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