首先交换双方要共同到房管部门提出申请并提交相关资料，在配图时需查验双方的房屋权属证书和双方签订的房屋产权交换协议、双方身份证原件。然后到登记窗口提交：1、房屋权属登记申请书（转移类）；2、房屋分层分户平面图；3、申请人身份证件复印件（查验原件）；4、房屋权属证书；5、房屋交换协议（当事人不能亲自办理，协议须公证）办理登记手续。     同时房屋交换双方须交纳20元∕证的配图资料费。如果是住宅的，交换双方各须交纳3元∕平方米的房产交易手续费和80元∕证（套）的房产登记费，是房改房且首次上市交易的，交易费双方各100元∕套。
    如果是非住宅的，交换双方须交纳20元∕证的配图资料费、5元∕平方米的房产交易手续费和550元∕件的房产登记费。
    自登记受理次日起10个工作日后双方到发证窗口凭南京市房屋权属登记收件收据和双方身份证原件、房屋产权交换协议办理领取手续（双方交纳登记税费），待所有税费交纳后再前往发证窗口签字领证。