实行综合计算工时工作制的劳动者的加班费的计算方法如下：
　　
　　原劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》明确规定：“依据劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条的规定，综合计算工时工作制采用的是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。”
　　
　　也就是说，在综合计算周期内，职工总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
　　
　　那么，延长工作时间的工资报酬该如何支付呢？
　　
　　《上海市企业工资支付办法》第十三条明确规定：
　　
　　1. 经劳动保障行政部门批准实行综合计算工时工作制的用人单位，劳动者延长工作时间的工资按本条第（一）项，即不低于劳动者本人小时工资标准的150％支付。
　　
　　2. 另外，实行综合计时工作制用人单位在法定休假节日安排劳动者工作的，按本条第（三）项，即按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300％支付工资。
　　
　　此外，劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第62条对此亦有明确规定：“实行综合计算工时工作制的企业职工，工作日正好是休息日的，属于正常工作；工作日正好是法定节假日的，要依照劳动法第四十四条第（三）项的规定支付职工的工资报酬。”
　　
　　比如，某些单位经过劳动保障行政部门批准，实行综合计算工时工作制，做一天休息一天，在春节长假期间，大年初一、初三、初五、初七都轮到上班，如何计算加班费？
　　
　　实行综合计算工时工作制的劳动者，法定节假日正逢工作日的，应算加班。因此，如果职工在大年初一和大年初三这两个法定节假日工作，应当计为延长工作时间，用人单位应另外按不低于本人工资的百分之三百的标准支付加班工资。大年初五和大年初七属于休息日，轮到上班属于正常上班，用人单位不用支付加班工资。