基于单一的确定股权转让价格的方法都有缺陷，因而在实践中应注意：
一、采用综合评估确定股权转让的基准价格
实践中股东自愿转让股权是股权转让的最为普遍的形式，法院运用国家强制力强制股东转让股权是股权转让中的一种特殊形式，两者在股权转让前先确定基准价格上是相一致的。转让双方首先应对公司的资产、负债情况进行评估，确定转让基准价格，在此基础上协商确定转让价格。法院在强制股东转让股权时，应通过审计、评估确定转让的基准价格。股权转让基准价格即股权转让参考价格，可以是公司的净资产额。在采用了前述的一种或几种甚至其他更多的计算方法后，有的当事人还会结合公司不良资产率、国家产业政策等因素确定转让价格，这样得出的转让价格比较接近股权的实际价值。
二、引入市场机制转让股权
转让基准价格确定后，根据意思自治原则，对转让双方经协商确定的转让价格，只要未损害国家和第三人的合法权益，是受法律保护的。在股权的转让中，还可以通过拍卖、变卖的方式转让股权，拍卖、变卖价格就是转让价格。拍卖和变卖引入了市场竞争机制，相对其他四种方法，更能体现股权的市场价格，是一种比较科学的方法。在股权的强制转让中，应参考股权转让基准价格确定拍卖的保留底价，通过公开拍卖的方式转让股权。