在并购中，对并购方需要引起注意的一个重要问题是在并购后资产或股权移交前或并购完成后一段合理时间内被并购企业发生经营性亏损如何处理的问题。这种情况是必须考虑的，而且被并购企业有一部分是濒临破产的亏损企业，在并购过程中，这种损失有可能继续扩大。关键的问题是这部分损失应由谁来承担，如何防范和控制呢？  除了从财税角度会对在并购前后发生的经营性亏损依法处理后，对于并购方而言，更关心的是这种经营性亏损发生的原因及被并购方的责任问题，甚至是并购前景的问题。
 在实践中，作为并购方的高新技术企业来说，首先需要查明目标被并购企业的亏损状况和财务状况，这将影响到资产评估结果的真实性。其次，应严格控制被并购企业在并购期间恶意制造亏损，转移财产，影响资产或股权评估的结果。
 在法律上可以采取的措施是，在并购协议中，将经营性亏损的发生列入先决条件之一，只有在并购协议生效后若干时间内满足了全部先决条件后，并购方才有义务履行相关协议内容。
 此外，也可以事先区分情形约定赔偿责任或提供担保，甚至解除协议的权利，同时在股权收购的情况下，在股权移交前，也可以约定并购方在满足一定条件下，有权提前进入被并购方董事会或采取应急处置措施。