股权转让行为实质上为资产的转让行为，按照《企业所得税法》规定，转让所得（或损失）需要纳税（或税前扣除）。但一般企业的股权转让不仅有付款时间、转让合同或协议生效时间，而且还需要办理相关的股权变更登记，有变更登记时间，按照国 税 函 [ 2 0 1 0 ] 7 9 号 文件规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。文件同时规定，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。也就是说，虽然体现在留存收益中的税后利润一般为免税收入，但如果不进行分配而随着股权一并转让的，不视为免税收入处理。
      如A企业2008年1月1日投资100万元于B企业，占B企业股权比例20%.2008年，B企业实现税后利润50万元，A企业应享有其中20%即10万元。2009年1月，A企业将该项股权转让给C企业，当月取得转让收入为120万元。2009年2月，A企业股权在工商部门办理股权变更登记为C企业。则A企业应于2009年2月确认转让所得为20万元（120－100），而不是10万元（120－10－100）。