刑事诉讼法第一百四十条第四款规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。”这种不起诉决定就是存疑不起诉。由于国家赔偿法制定在前，刑事诉讼法修改于后，因此，对存疑不起诉是否应该予以国家赔偿成为理论和实践当中争议较大的一个问题。
一种观点认为，存疑不起诉属于检察机关错误逮捕，应当赔偿。其主要理由是，存疑不起诉作为一种处理决定，实际上是对以前的批准或决定逮捕的否定，可以理解为是对“错误逮捕”的一种确认，给予国家赔偿，符合法律规定。通过赔偿有利于保障公民的合法权益，有利于加强对司法人员的监督，改善司法机关的工作，提高司法工作人员的政治、业务素质。另一种观点认为，存疑不起诉的案件不应予以国家赔偿。其主要理由是，按照《国家赔偿法》的规定，错误逮捕是指“对没有犯罪事实的人”错误逮捕。存疑不起诉的原因是“证据不足”，所谓“证据不足”不同于“没有犯罪事实”，而是介于“证据确实充分”与“无证据”之间。且《人民检察院刑事诉讼规则》规定，存疑不起诉案件在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。因此存疑不起诉不能完全等同于检察机关的逮捕错误，不应赔偿。还有一种观点认为，对存疑不起诉案件是否赔偿应当具体分析，不能一概赔偿或一概不赔偿。存疑不起诉从本质上说是证据“不能认定犯罪事实”，它不同于没有证据的“没有犯罪事实”。 “没有犯罪事实”是没有证据证明其有犯罪行为，或者有证据证明其没有犯罪行为。 “不能认定犯罪事实”指的是有证据证明犯罪事实，但证据未达到足以排除一切合理怀疑的程度。现行赔偿法的规定不明确，如一律赔偿，则实质上是将逮捕证据要求拔高到了起诉的证据条件，不利于司法机关充分利于逮捕这一强制措施开展侦查工作，打击犯罪，保护人民。如一律不赔偿，则存疑不起诉可能成为司法机关对“错误逮捕”的一种变通处理手段，成为一种“台阶”办法，侵害犯罪嫌疑人和被告人的合法权益，不利于严格执法。因此，对存疑不起诉案件是否赔偿应当具体分析。
我们认为，对存疑不起诉案件是否赔偿要从依法治国的高度，从法制效果和社会效果相统一的原则出发，做到既有利于保障犯罪嫌疑人合法权益，又有利于司法机关严格执法、充分发挥逮捕的预防和保障功能。不但不能一概而论、机械执法，也不能仅仅满足于具体案件的具体分析，而是应当从理论上进一步探讨赔与不赔的原则，使存疑不起诉案件的赔偿做到更加公正、合法、客观、合理。
一、存疑不起诉是否赔偿，要看赔偿的法治成本是否属于合理范围。
“依法治国，建设社会主义法治国家”是载入宪法的基本原则，法治的推行是社会主义现代化建设的必然要求。从人治到法治是观念的转变、功能的更新和利益的调整，在给人们带来好处的同时，也肯定要迫使人们做出一些牺牲，付出一些代价，有时甚至是重大的牺牲或者代价。这种实行法治、建设法治国家不得不付出的代价、做出的牺牲或不得不接受的不利条件，就是法治成本。合理的法治成本是建设法治国家的必然付出，但如果过高的法治成本，超过社会公众的心理承受能力，超过国家的财政承受能力，可能成为某些人舍弃长远利益而退回人治的口实，不利于法治建设，甚至阻碍法治建设，。
司法工作作为国家控制犯罪的主要手段，必然要有大量的成本耗费。而国家对司法资源的投入在一定时间内总是相对稳定的。并且司法作为国家系统的一部分，其成本的增加必然会减少国家对其他社会福利与公共建设的支出，从而产生“排剂效应”。尽管国家不断加大对司法资源的投入，司法机关的设备和经费不断补充，但仍然与有效防止和打击犯罪有一定差距。司法机关办理案件中出现错案，是不可避免的，国家予以赔偿也是法治进步的一种表现。国家赔偿与国家对司法资源的投入一样，也是一种法治成本，因此其付出，也需要与我国政治、经济、文化的客观实际相符合。国家赔偿法第十五条、十六条、十七条规定的刑事赔偿的范围，其中“对没有犯罪事实的人错误逮捕的”进行赔偿，是与我国现在的法治水平相适应的。从这个意义上说，存疑不起诉赔与不赔，首先要考虑的是法治成本的合理性。
我们认为，由于技术条件制约，或者社会影响大等客观原因，在逮捕时对证据把得不严或者放得过宽造成的存疑不起诉，不应该赔偿。如我们在司法实践中遇到的，某企业现金21万元失窃，犯罪嫌疑人在公安机关供述了其配钥匙作案的过程，经鉴定锁是新配的钥匙打开，但由于未获取赃款，犯罪嫌疑人后翻供，致证据不足，不能起诉。分析该案，在获取了犯罪嫌疑人供述及初步证据后，如果不捕，则此案无法进一步侦查。而侦查是有时机的，客观上由于侦查技术落后，如秘密录音设备陈旧，使该案在逮捕后获取的犯罪嫌疑人的相关交谈不清楚，不能作为证据使用，错过了侦查的时机，致该案证据不足。像这种案件，如果赔偿，可能造成公众对司法机关的不信任-不但没有追回钱，还倒拿钱给犯罪嫌疑人。这就不是建设性、生产性的投入了，综合分析则法治成本就太高。
二、对存疑不起诉是否赔偿，要充分考虑案件的性质和对受害人的危害程度。
我国刑法和刑事诉讼法的修改和完善，加大了对犯罪嫌疑人和被告人的保护的力度，但我们不能否定刑法、刑事诉讼法的主要任务是打击危害国家安全、社会公共秩序和人民生命财产的严重刑事犯罪。由于证据不足做出的存疑不起诉，主要是根据“疑罪从无”的原则做出的有利于犯罪嫌疑人、被告人的处理决定，这个决定不能等同于赔偿法中的“无犯罪事实错误逮捕”。
我们仔细分析一下证据不足中的所谓“不足”，实际上是指证明犯罪事实证据不充足。是与 “证据确实、充分” 相对而言。这种证据不足在于“证据确实充分”与“无证据”之间。证据不足，表现为运用已经查证属实的证据不能达到足以证明犯罪事实成立的程度，同时用以证明犯罪事实成立的证据中有的没有达到确实可靠的程度，或者与犯罪事实无关联也无其它证据相印证。通过以上分析，存疑不起诉并不能证明司法机关存在赔偿法规定的“错捕”。
因此，我们认为，对有可能判处十年以上刑罚的重大刑事案件，存疑不起诉不能赔。这种严重刑事犯罪，严重危害国家利益，严重侵犯公民权益，证据不足存疑不起诉，只是对犯罪嫌疑人做出无罪处理。从保护国家利益、社会公共利益和人民生命财产安全出发这种情形赔偿是利在于弊。因案件的存疑不起诉处理，本身对国家、社会和被害人权益未有效和充分保护；如果还给犯罪嫌疑人予以赔偿，则可能引起公众对司法工作的不满。
相反，对轻微刑事案件，如判处三年以下有期徒刑的案件的存疑不起诉，可以进行赔偿。如某农户养的鱼被人毒死，犯罪嫌疑人到案后开始拒不供述，后虽然供述，但随即又翻供，且时过境迁，相关物证收集困难，逮捕后未及时侦查终结，审查起诉时又多次退回补充侦查，最后做出存疑不起诉决定，后对其进行了赔偿。司法机关通过此案认真总结经验教训，有利于司法提高执法水平，促进公正司法、严格执法。
三、存疑不起诉是否赔偿，必须确认司法人员主观上是否过错。
国家赔偿法确立的刑事赔偿的归责原则有两项，其一主观上“违法”，即国家机关和国家机关工作人员有“违法”履行职务的行为；其二客观上有危害结果，即错误逮捕、错误起诉、错误判决或错误查封、扣押财产。这种归责原则不是单纯的“结果责任论”，而是“主客观相统一”的归责原则，即主观上须有“违法”的司法行为，客观上导致了错误逮捕、错误判决的结果，二者兼备，才予以赔偿。
虽然主观故意要通过客观行为表现出来，有的案件确实也可以从不起诉的结果来推定行为“违法错捕”，但并不是所有的案件都可以这样认定。存疑不起诉一律赔偿，违背了“主客观相统一”的归责原则，在实践中是有害的。我国刑法、刑事诉讼法对有罪的要求已经很高，对存疑不起诉一律赔偿的作法，实际上推定了无罪就等于“错误逮捕”，司法工作人员为了减少赔偿，从而人为地把逮捕的标准提高，这样就可能造成打击不力，使国家的利益、公民的权利不能得到有效保护。
存疑不起诉是否“错捕”，从主观方面来说，首先要考虑的是承办案件的司法工作人员的业务水平和具体的案情是否相适应。对证据的把握是司法工作人员专业水平高低的体现。这里要区分的是逮捕标准的合理性误差与司法工作人员工作失误。合理性误差，是因为逮捕的标准与起诉的标准不应该等同，逮捕标准低于起诉标准，因此，逮捕时就包含着不起诉、无罪判决，这是刑事诉讼的客观规律。工作失误是由于司法工作人员个人的原因，如徇私徇情、工作疏漏、水平较低等故意或者过失，没有正确认定在逮捕时已经存在证据介于犯罪事实既肯定不了，也不能肯定无犯罪事实这两种可能性之间，而对犯罪嫌疑人批准或者决定逮捕。并且，这种侵权结果与“违法”司法行为之间存在着因果关系
存疑不起诉是否“错捕”，从客观方面来说，有重大嫌疑、有违法行为的就不是“错捕”。逮捕作为一种强制措施，是为侦查工作服务的，有重大嫌疑，在刑事拘留后需要继续侦查，才采取逮捕的措施，经过侦查虽然未能确定为犯罪，但同样也不能排除其犯罪的可能，则不属于“错捕”，因此不能赔。如果有明显违法但不构成犯罪的，不能赔。相反，如果确属以刑讯逼供获取的言词证据定案而存疑不起诉的案件，应该予以国家赔偿。
