弊端主要有以下几点：

1、使用年限
商业配套40年，办公50年，比住宅的70年缩水严重；
产权时间我理解应该是土地使用权时间，不是房屋产权时间。因为房屋购买后，房屋产权就属于你了，但土地你只有使用权，无所有权，土地所有权属于国有。国家规定纯住宅的土地使用权年出让年限限最高为70年，商业用地最高出让年限为40年。所以，住房只有40年的土地使用权时间也有可能出现。40年后，国家有权收回土地及地上附着物。50年和70年听起来好象对现业主影响不大，但因为《物权法》对综合用地上的房产使用权是否能够自动续期规定并不明确，因此，购买综合用地上的商住住宅还是有一定风险。《物权法》第149条规定：住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，有约定的，按照约定；没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。。最可能的方案是：到期后，你再次向国家交纳土地出让金，国家再次出让土地使用权。所以，你不会赔30年，但会多缴一些土地出让金，因为40年后的土地出让金肯定会比现在的贵！

2、交易税费
初次购买或者转让时的契税按照3%收取，而住宅为1.5%；
如果国家开征物业税、土地增值税，商业用房的标准也会比住宅高

3、按揭方式
大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭，最长贷款年限10年 。不过这个问题因为是涉及到销售问题，大部分开发商就已经协调解决了。

4、日常生活成本
如按公建用途规定，其水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。
如水费：3.7（住宅）/5.6（工业商业）/6.1（宾馆、饭店、餐饮业）

5、设计标准
设计导向不同。公建物业受朝向、采光、进深等限制较少，而普通住宅的要求较高。

6、落户问题
无法迁入户口