更为严重的是，即便是本文曾经提到的一些轻微不符点的出现，如开证申请人已经丧失了商业信誉，根本无力偿还信用证可能出现的垫款，则开证行会竭尽全力寻求不符点的成立，从而达到拒付信用证的目的，此时信用证基础合同开证申请人的情况对信用证交易产生了重大负面影响。
　　当然，如果开证行仅仅是因为申请人出现了某些状况而试图以不符点为借口达到拒付的目的，则受益人应当依据跟单信用证统一惯例的判断标准以及相关的司法实践队开证行的上述无理拒付采取法律措施，一旦这些不符点被认定为不成立，那么根据民法基本的原理故意促成条件不成就的人无权宣称条件不成就，开证行也就逃避不了付款的义务。
3、放弃不符点时基础合同对信用证关系的影响
　　我们在分析以上情况时曾经说过，单据的不符点存在诸多原因，有些不符点是根本性的不符点，不可能得到修改，这是单证之间的绝对不符。按照信用证交易的一般规则，在单证不符的情况下，开证行即无须对受益人进行付款，也即开证行对外做出的有条件的付款承诺的条件没有得到满足，开证行即享有脱离　　信用证关系约束的权利。那么是不是不符单据的提交开证行就确定不付款呢？答案显然是否定的。
在现实交易当中，受益人虽然提交的单据存在着不符点，此时受益人一般会跟申请人做出联络，寻求申请人对上述不符的确认，申请人一般会明确告知受益人，此类不符点他们会予以接受，受益人仍可迳行向开证行提交单据，并可获得付款。
　　开证行在接到此类单据时，也会通知申请人并告知申请人此类单据上出现的不符，如果申请人明确告知开证行，他们对此类不符点均会接受，此时开证行仍可对外做出付款的承诺。从这一点上分析，开证行的独立判断信用证不符权变成了首先由申请人判定，其次才是开证行对外做出意思表示。根据法律上的禁反言原则，开证行一旦同意对外放弃不符点，则开证行的付款应当是确定的，不可撤销的。
四、 基础合同对信用证的干预的利益分析
　　“没有永恒的朋友，只有永恒的利益”，这样一句话，在信用证交易的运行中也体现得淋漓尽致。我们之所以将贸易合同称为基础合同，即在于在此基础上的其它交易行为的运行都受其影响，如果没有基础合同的正常履行，就不能完全保证信用证关系的正常运行。
　　从利益角度出发，开证申请人和开证行之间一般均具有良好的商业往来关系，同理受益人和其往来银行（被指定银行）之间也一般具有良好的商业关系。开证申请人和开证行是利益的共同体，他们实际共同承担着对外付款的责任，尽管表面上时开证行对外付款，但是该款项实际仍应由申请人对外支付。而信用证下的各类单据只不过是经过银行的手而最终转移到开证申请人手中，单据所代表的货物是否能真正为申请人所需，是否回给申请人带来损失，直接影响着申请人是否真正愿意接受这些单据。在申请人愿意接受货物的情况下，任何单据表面上的不符点都是轻微的，在申请人根本不愿意接受货物的情况下，任何单据上的不符点都是重大的。从这一点上来说，不符点只不过是付款是否能够完成的一个托辞。
　　但是值得注意的是，银行是依靠信誉生存的企业，如果银行在信用证的执行上经常会借口不符点是否成立来达拒付的目的，则该银行的商业信誉就会广受怀疑，直接的经济后果是此后的交易中当事方将不会接受此银行开立的信用证，这对经常拒付的银行来说是不利的。
　　但是出口方做为受益人一旦选择了信用证做为结算的工具，即应当充分利用该工具的优势，尽力正常履约，并努力防止出现单据中的不符点的存在，从而真正达到使得商业信用证转换为银行信用的目的，以使得自己的利益得到合理的保护。