一、混乱的司法鉴定体制
1、点多面广。司法鉴定机构可谓点多面广，首先可分为官方的、民间的，以及官方与非官方联营而设立的司法鉴定机构，官方又可分为公检法各部门的，其他各行政主管部门的，各条战线从中央到地方又重重设立。其次是分设过细，司法鉴定分法医学鉴定、书法笔迹鉴定、价格鉴定、会计鉴定、各类质量技术鉴定等等，名目繁多，设置交叉重复，因为市场需要，造成了一哄而上。
2、设置随意。司法鉴定机构的大量涌现，是司法改革大潮的必然结果，但许多鉴定机构的设置却动机不一，有的是根据司法改革的迫切要求，为切实解决司法实践中的问题而设置的，有的是为完成上级布置的任务，临时抽调人马而成立的，有的纯粹为了解决就业，为创收，依职权而设立的，这些机构的设立具有很大的随意性。
3、各自为战。目前，各司法鉴定部门绝大部分隶属于各自的行政部门，公检法内部的司法鉴定系统也没有自己独立的管理体制，鉴定机关各自为战，虽有鸡犬相闻，却老死不相往来。虽然全国各地也有几次规模可怜的什么研讨会之类的聚会，但从根本上无法影响各自为战的格局。
4、角色差。民间鉴定机构在司法鉴定体系中自然是灰姑娘，他们的鉴定结论在司法实践中是学理解释性的东西仅供参考，因而无法争得一席之地。而公检法内部设立的司法鉴定机构的地位也很差，仅为各单位一个很不显眼的部门，成为配角，或为各单位创收的一个基地。司法鉴定机构是因为有权作出鉴定结论而生存，而不是因为有能力作出鉴定结论在社会中赢得一席之地。
5、规模小。因为点多面广，设置动机不一，造成了司法鉴定机构的规模小，单兵作战，一个人的鉴定室占基层鉴定室的一半以上。而处于中上层的鉴定机构大多也只有办公室一间，人员二、三个，而这些机构中设备不齐，人员水平各异，职业道德水准参差不齐，严重地影响了司法鉴定的发展。
6、设置不公。有的鉴定部门的设置是为本单位、本系统解决内部纠纷而依照职权设立的。如医疗事故鉴定委员会，它虽依照国务院的法规成立，但法规的起草由卫生部，其主管为卫生部，从医疗单位抽调专职人员或兼职人员组成。这种鉴定机关的主管部门及鉴定组成人员或兼职人员与医疗事故责任单位和有关人员有着说不清、道不明的关系，受害人申请鉴定处于一种非常不利的地位。又如公安局的法医鉴定，某些因公安人员执法中造成被强制对象伤残或死亡的，又由公安机关的法医进行鉴定，显然是不公平的。还有工程建设的质量鉴定等，承建方为建委的下属，建委为施工承建方鉴定，这些鉴定即使做到了公平，受害人也不敢信，许多鉴定机构的设置，都深刻地体现了鉴定体制的弊端。
7、无章可循、无法可依、缺乏监督。法院二审终审，还有申诉、人大监督、检察院抗诉等程序。各行政机关的行政处罚有申请复议的程序，而目前的司法鉴定却没有这些程序。目前，就是县市以下级别的鉴定，甚至是一个人作出的鉴定结论也是终级结论。没有合议程序，没有复核程序，更没有申诉程度序。如果对鉴定结论不服，自然可以到其他司法鉴定部门去进行鉴定，但重新鉴定的结论并没有撤销原结论的权力，面对各自最终的鉴定结论，法院审判员一方面无所适从，另一方面又可以随意取舍，严重地制约了司法鉴定的改革和发展。
二、建立独立司法鉴定体系的可行性
司法鉴定要与司法改革步调一致，必须从立法和鉴定机构的设置上着手，然后才是进一步完善鉴定标准等问题。
1、立法。制定和完善司法鉴定的法律法规是解决存在问题的关键，目前司法鉴定机构根据有关的法律法规设立，各行业制定了鉴定的标准，鉴定的程序，但这些规定是部门法规，规格低，约束力不强，公信力弱，没有权威，没有系统，涉及鉴定的申请，对鉴定不服的复议，申请鉴定机关和人员的回避制度，及管辖等，都没有立法，要解决司法鉴定的种种问题，必须从整体出发，制定较为完善的法律法规，使司法鉴定有章可循，有法可依。
2、建立独立的司法鉴定体系。建立从中央到地方独立的司法鉴定体系，摆脱目前从属于各个行政部门，既当运动员、又当裁判员的尴尬局面。在这个体系内部建立地域管辖和级别管辖的案件管理制度，消除目前的无管辖、无级别状态，使司法鉴定纳入统一的管理体系。
3、司法鉴定走向市场。只有走向社会，走向市场，才能具有活力，司法鉴定应参照律师事务所实行国家统一管理，自负盈亏，司法鉴定虽然有不同于律师的地方，律师的从业人员只要具备专业知识和良好的身体素质，有简陋的办公条件便可办公，司法鉴定机关却还需要高尖端的设备，关于设备部分的投资可由国家统一解决，但从业人员的工资及鉴定机构的自身运转开支应实行自负盈亏。与之相配套的是建立鉴定机构的以技术等级为级别管辖制度，即丙级为基层鉴定机构，对丙级不服的可以向任何一个乙级鉴定机构申请重新鉴定，对乙级不服的可以向任何一个甲级鉴定机构申请重新鉴定，这样慢慢地甲级和乙级的某些鉴定部门便会在全国范围内造成巨大影响，形成权威。而没有影响，经过考核不能合格的鉴定机关将被淘汰。在鉴定机构内部实施这种制度，能够保持优胜劣汰，各鉴定机构在竞争中求得发展。在人事管理方面，因目前各鉴定机构从属于各行政部门，是吃皇粮的单位，从业人员流入的渠道多，没有统一的考核及选拨制度，只有改革，才能使从业人员才既有压力感，又有前途感。
4、建立鉴定监督机制。没有制约的权力，必将产生腐败，没有制约的司法鉴定系统，是造成鉴定不准，又无处申诉的重要原因，建立独立的司法鉴定体系，必然要完善司法鉴定的监督机制，建立独立的司法鉴定体系后，监督成为了一种可能、可行和可操作。首先，在其内部必须建立一整套的鉴定合议制，法律文书的签发和审批制，重大疑难案件的研究制，对鉴定不服者申请重新复核等一系列的制度。在其外部环境上，因独立于公检法之外，公检法对来源于司法鉴定系统的司法鉴定将成为最好的监督者。
总之，建立独立的司法鉴定体系是现代司法制度的基本要求，只有建立独立的司法鉴定体系，完善司法鉴定的整体立法；通过建立独立的司法鉴定体系，才能够使鉴定机关和申请鉴定人有法可依；只有建立独立的司法鉴定体系，才能够有司法鉴定自身的生存和发展。司法鉴定走向市场，能为国家节约相当大的财政开支，建立独立的司法鉴定体系势在必行。
