一、关于当事人提出诉讼时效抗辩的时限问题
债务人在一审程序中未就诉讼时效提起抗辩，但在二审程序中提出了该项抗辩，二审法院应否就此展开审查。讨论中，主要产生如下两种观点：
（一）肯定说
该种观点认为，当事人在诉讼中提出诉讼时效抗辩不存在时限，法院应当进行审查。具体理由是：1.我国尚未确立完全的强制答辩制度，最高人民法院现行证据规则对当事人到期未予答辩的消极后果未作明确规定，故债务人在一审程序中未提出诉讼时效抗辩，不产生失权后果。2.现行民商事立法未明确规定提出诉讼时效抗辩存在时限，故法院在二审程序中对诉讼时效抗辩不予审查缺乏法律依据。3.抗辩权作为实体权利，其行使没有时限，故诉讼时效抗辩权行使也不应例外。4.现行证据规则允许当事人在二审程序中提交新的证据，故应推定当事人在二审程序中可依据新的证据提出诉讼时效抗辩。5.诉讼时效制度与请求权是否具有强制执行力密切相关，而一审裁判在二审期间尚未发生法律效力，且原判结果亦存在被二审改变的可能，故应当允许当事人在二审程序中提出诉讼时效抗辩。
（二）否定说
该种观点认为，当事人在诉讼中提出诉讼时效抗辩存在时限，如无特殊情况，二审法院对此不应审查。具体理由是：1.在现行法律就此尚未作明确规定的背景下，司法应尽可能侧重保护权利人的诉讼权利和实体权利，不轻易认定权利人丧失诉讼时效。2.答辩和抗辩权不能等同，抗辩权只是答辩内容的一种，强制答辩制度是程序规定，尚未涉及具体权利，而诉讼时效制度则可能导致实体权利的丧失，不能以目前无强制答辩制度来否定诉讼时效抗辩的时限。3.根据抗辩权发生说理论，当事人在一审程序中不行使诉讼时效抗辩权就应视为其主动放弃，其在二审程序中再予提出违背诚实信用原则，故法院可据此不作审查。4.根据德国司法实践中的权利失效理论，如果当事人在一段时间内不行使权利且具有足以使他人相信其抛弃该权利的外观特征，就不能再行使权利。抗辩权是针对请求权而提出的，当事人在对方行使请求权的时候保持沉默，应视为放弃抗辩权，故二审法院不应对诉讼时效抗辩进行审查。5.二审法院初次审查诉讼时效抗辩并作出处理，将导致诉讼时效问题一审终审，可能损害权利人的诉讼权利和实体权利。6.外地省市高院的执法意见多数倾向于二审法院不审查当事人初次提出的诉讼时效抗辩。
此外，在讨论中对一审法官应否就诉讼时效抗辩问题向当事人释明产生了两种观点：一种认为，鉴于部分涉讼当事人诉讼能力较低和法律知识缺乏的现状，一审法官在审理案件过程中若发现可能存在诉讼时效抗辩但当事人浑然不知的情形，应当及时进行释明；持否定观点的则认为，此类释明缺乏理论和法律依据，与法院应当居中裁判的司法理念和侧重保护权利人合法利益的价值取向亦存在冲突，且实际操作难度大，释明尺度难以把握，故在现行法律未作明确规定的前提下，法官对此不宜行使释明权。
讨论中就此问题形成以下倾向性意见：对于当事人在一审没有提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出了该项抗辩的情形，二审法院一般不予以支持。其中考虑的因素包括：从维护诉讼程序的稳定性角度出发，当事人在一审中没有提出此项抗辩，一审对此没有进行审理，二审予以审理则违背了两审终审的原则。尽管我国立法和司法解释没有规定答辩失权制度，但从维护债权人的合法利益而言，根据诚实信用原则的要求，债务人在一审中未就此提出抗辩可视为其放弃了此项抗辩。
二、关于无效合同纠纷案件中的诉讼时效问题
就提起合同无效确认之诉以及无效合同财产返还请求权、损害赔偿请求权的行使是否适用诉讼时效制度问题，普遍认为，前者不适用诉讼时效制度，因为请求确认合同无效不同于请求权的行使，仅仅是权利的主张，而权利的主张不应受诉讼时效制度的限制；而后者属于请求权的行使，当然应受诉讼时效制度的限制。
对无效合同财产返还请求权或损害赔偿请求权的诉讼时效期间从何时起计算问题存在分歧，观点如下：
（一）从合同载明的履行期限届满后的次日起计算
该种观点认为，在合同载明的履行期限届满后，如权利人已经认识到合同无效，可直接提起确认合同无效之诉；如未认识到合同无效，则应依照合同主张权利，虽然主张权利的后果会因合同无效而使该项权利归于无效，但因合同无效将依法产生返还财产、损害赔偿的法定债权，其合法的民事权益仍可实现，故上述请求权的诉讼时效期间应自合同载明的履行期限届满后的次日起计算，这也是上级法院民商事审判条线目前遵循的执法思路。
（二）从合同被确认无效之日起计算
该种观点认为，合同被确认无效后才可能发生财产返还或者损害赔偿请求权，故上述请求权应自合同被确认无效之日起计算，这也是上级法院民事审判条线目前遵循的执法思路。
（三）从权利人知道或者应当知道权利受到侵害之时起计算
该种观点认为，无效合同财产返还请求权和损害赔偿请求权的诉讼时效期间起算点比较复杂，不同的案件往往存在不同的情况，譬如有些损失要得到法院确认合同无效之后才能确定，故不宜“一刀切”地划定单一标准，应由法院依法行使自由裁量权，诉讼时效期间起算点的判断标准原则上还是从权利人知道或者应当知道权利收到侵害之时起计算为妥。
讨论中对于以下问题基本形成一致观点：第一，关于对确认合同无效的诉讼时效问题，因该项请求属于权利的主张范畴，故不应适用诉讼时效的限制。第二，对于合同经确认无效后财产返还请求权或损害赔偿请求权的诉讼时效问题，应分别视情况予以具体分析：一是对于因法律明确禁止的行为、交易而签订的合同，当事人双方应知晓其行为的法律后果，从规制此类违法行为的角度出发，对于此类无效合同确认后的财产返还请求或者财产损害赔偿请求的权利行使，在诉讼时效上应严格限制，其起算点应从合同自始无效时确定。二是对于法律并非明确禁止的交易行为，此类合同在确认无效后，如委托理财纠纷，其财产返还请求权的行使应从该项合同被确认无效之时起算。三是对于诸如企业间借贷纠纷，因此类合同均约定有履行期限，且起诉到法院的案件事实上也是履行完毕后产生纠纷的，故在诉讼时效的确定上可以合同约定的履行期限届满时起算。
三、关于诉讼时效中断、中止或延长事由的判断问题
讨论的焦点主要有两方面：一是债权人仅举证证明其曾通过邮政特快专递或挂号信向债务人催款，但未能举证证明债务人已收到该催款函，这是否足以认定诉讼时效中断；二是如何看待最高人民法院《关于涉特定企业的纠纷案件暂缓受理、暂缓审理和暂缓执行的通知》（以下简称“三暂缓”通知）对诉讼时效制度的影响。
（一）债权人仅举证证明其曾通过邮政特快专递或挂号信向债务人发出催款函，据此是否足以认定诉讼时效中断
研讨中普遍认为，该问题与举证责任分配密切相关，故必须结合最高人民法院证据规则进行综合考量；催款函即意思表示，而意思表示通知在我国采用到达生效主义。主要产生三种观点：
1.否定说。该种观点认为，债权人应当向债务人提出权利主张，并让债务人知晓该意思表示，故债权人除举证证明其已发出催款函之外，还应当证明其权利主张的意思表示已经有效送达至债务人，否则，还不足以认定诉讼时效中断。同时，关于意思表示是否送达可参照最高人民法院有关文书送达的司法解释作出判断。
2.肯定说。该种观点认为，上述邮寄方式属于常态事实，送达的准确率通常比较高，故在现行法律法规未作明确规定的前提下，基于尽可能保护合法债权利益的考虑，只要债权人能够举证证明其曾通过上述方式向债务人发出催款函，法院就应当推定其权利主张的意思表示已到达债务人，诉讼时效亦因此而中断。否则，由于加重了债权人在常态事实下的举证责任，可能导致结果的不公平。若债务人主张其未收到催款函或者函件内容不符，则应由债务人就此承担举证责任；若其能举证证明此点成立，则不构成诉讼时效中断。
3.区分说。该种观点认为，仅以是否通过邮政特快专递或挂号信方式邮寄催款函来认定诉讼时效中断与否，不甚妥当。因为具体个案所涉情况不一，故应由法官依据最高人民法院证据规则对具体案件进行具体分析，最终作出综合判定。
（二）如何看待最高人民法院“三暂缓”通知对诉讼时效制度的影响
主要围绕破产审判实践中碰到的两个问题展开研讨：一是权利人欲提起诉讼，但法院依据“三暂缓”通知而暂不予受理，这是否构成诉讼时效中断；二是“三暂缓”通知导致权利人提起诉讼受阻，这是否属于诉讼时效中止的事由。
就第一个问题，讨论中形成如下两种观点：
1.否定说。该种观点认为，依照民法通则，起诉是诉讼时效中断的法定事由，该起诉是以被法院受理为前提的。故若当事人提起诉讼，但未被法院受理的，不构成诉讼时效中断。至于法院不予受理的原因和案件的类型在所不问。
2.适度肯定说。该种观点认为，通常法院裁定起诉不予受理是基于原告起诉不符合我国民事诉讼法的规定，属于不合格的起诉，不能等同于诉讼时效中断事由之一的起诉。但在目前破产案件审理过程中，由于债权人起诉未被法院受理的直接原因是最高人民法院下发的“三暂缓”通知，与前述不合格起诉未被法院受理缺乏可比性，故从适度保护债权人合法利益的角度着眼，宜根据案件具体情况认定该种类型的起诉属于诉讼时效中断的事由。
就第二个问题，讨论中主要有如下两种观点：
1.审慎肯定说。该种观点认为，如果最高人民法院的“三暂缓”通知存在于诉讼时效期间届满前的六个月中，而权利人也确实因此而暂时无法起诉，在这种权利行使存在客观障碍的情形下，可考虑认定诉讼时效中止。
2.否定说。该种观点认为，尽管在上述期间内，权利人因最高人民法院“三暂缓”通知而无法提起诉讼，属于障碍之一种，但该“三暂缓”通知尚未妨碍权利人以起诉之外的其他方式行使权利，也即该障碍未达到民法通则规定的构成诉讼时效中止事由的障碍标准，故不应认定诉讼时效中止。此外，若客观情势确有必要，法官可依照民法通则行使自由裁量权，对诉讼时效期间酌情予以延长。
结合审判实践中的通行做法，对上述问题形成以下倾向性意见：第一，对于催款函的发出对诉讼时效中断的影响，因为意思表示生效在我国立法上是以到达主义为标准的，所以在理论上要确认诉讼时效中断，则需要确定债务人收到了催款函。但是，对于债务人是否收到了催款函，则是证据的证明力问题，同时也是法官对举证责任分配的规则运用问题。较为一致的观点认为，对于通过邮政特快专递或者挂号信渠道发出的催款函，因为邮政系统的正常运转，应从常态事实的证明标准出发认定催款函事实上是能够到达债务人处的。至于是否会出现例外的情形，则需要债务人作出证明。第二，关于因最高法院“三暂缓”通知涉及的债权主张如何适用诉讼时效的问题，因此类纠纷乃是因国家在宏观层面上的决策而引发的，由此引起的法律上的风险不应完全加于债权人身上，可适用民法通则中诉讼时效延长的规定予以处理。
