一、稽核案件之选案原则：
(一)一般(书面)稽核：
1.每月由行政院公共工程委员会政府采购信息公告系统，下载拟受稽核单位前2年已决标公告金额以上之采购案件，由执行秘书单位会同本府政风室人员抽选受稽核案件。其抽选总件数为预定受稽核件数1倍以上。
2.自厂商提出异议或疑义案件中判断，如有违反法令之虞者，主动函请招标机关检送相关资料进行稽核。
(二)项目稽核：
1.每月由行政院公共工程委员会政府采购信息公告系统筛选决标异常采购案(如：招标方式不当、不当分割采购标案、流标次数过多、标比偏低或标价偏低、招标集中特定厂商、履约有重大延误等)列为例行性项目稽核案件，其抽选件数为3件以上。
2.依行政院公共工程委员会函转民众或厂商检举案、民众或厂商径送本府书面检举或陈情函、审计部台湾省台东县审计室函嘱查处之采购案、召集人径行交办查核、报载采购弊端等案件列为不定期项目稽核案件。
二、稽核案件分案程序：
(一)项目稽核
1.委员核派：
受稽核案件选案后，签报召集人依采购案件性质核派具相关专长之稽核委员，进行稽核。每组稽核委员以2人以上为原则，若委员时程无法配合时，得以1位委员进行稽核，如时间充裕得另行签办核派委员递补。
2.稽核案件经核派后，应即函文通知受稽核机关备妥相关资料备核，并通知受派稽核委员。
3.受派实地稽核之委员应于指定日期及时间，由执行秘书单位派车前往受稽核单位。或通知受稽核机关备齐相关资料送受派稽核委员。
(二)书面稽核：
函请受稽核机关提送相关资料进行书面稽核监督。书面稽核案件依案件性质及委员专长，分案签办交由稽核委员办理。
三、稽核报告提出时程：
稽核委员执行稽核监督，应于稽核完成后15日内提出稽核监督报告及相关稽核事证资料影本，以办理汇整事宜。
四、稽核结果之汇整：
(一)每月将稽核委员或稽查人员之稽核报告予以汇整，并签报召集人核定。
(二)稽核结果如有疑义或其它特殊情形，签报召开委员会或分组委员会议决议后再依决议汇整稽核结果。
(三)稽核结果如无疑义或其它特殊情形，则予存查。
五、稽核结果之追踪及结案：
(一)稽核结果核定后，应函送受稽核机关并限期于文到2周内，将改善情形函报本小组，以利成果汇报。
(二)非例行性之项目稽核或主动查核之案件，均应依文书作业规定办理。
(三)对迟缓答复之机关，应于期限届满前以电话催办，并作成电话纪录，逾期3日仍未答复者，应即发函催办，直至结案为止。
(四)稽核案件依规定，应每月汇送至行政院公共工程委员会，如汇送时尚有未结案件，应送交执行秘书催办列管。
六、建檔：
(一)以受稽核机关为单位，依稽核类别分为一般(书面)稽核及例行性项目稽核案件分别制订成册，以利相关机关查核。
(二)主动查核案件或非例行项目稽核案件，除其结果应并入(一)建檔外，逐案将全部资料装订成册，以利相关机关查核。
