一、为落实「台湾地区渔船船主境外雇用及接驳大陆地区渔船船员许可及管理办法」(以下简称「管理办法」)第十二条第二项规定，执行载有大陆船员之渔船(以下称受检渔船)每航次进出渔港时之报验检查工作，特订定本程序。
二、巡防机关执行受检渔船进出港查验时，应运用本会渔业署所建置「大陆船员管理信息系统」，查询受检渔船船主所雇用大陆船员之身分及人数。大陆船员安置于岸置处所者，前项查询渔船船主雇用大陆船员数据，得由岸置处所经营人于受检渔船出港前自「大陆船员管理信息系统」中打印渔船雇用大陆船员数据供巡防机关查询。
巡防机关执行受检渔船属远洋渔船所载大陆船员进出港查验时，核对受检渔船船主所雇用之大陆船员身分及人数以直辖市或县(市)政府核准名册为依据。
三、受检渔船进港时，其报验检查程序如下(流程如附图一)：
(一)渔船船主(或船长)应将受检渔船靠泊于巡防机关指定之检查码头，并依下列情形分别检具相关证件，供巡防机关查验。
1.船上大陆船员系第一次随船进港且未领有识别证者：
渔船船主(或船长)应备妥该大陆船员之身分证或护照正本、直辖市或县(市)政府核准进入境内水域之公函(以下称公函)及「核准进入境内水域大陆船员名单」(以下简称核准名单，格式范例如附表一)，供巡防机关查验。渔船船主(或船长)于巡防机关查验无误后，持巡防机关签章之核准名单，作为后续向直辖市或县(市)政府申领识别证之凭证。
2.船上大陆船员已领有识别证者：
渔船船主(或船长)应备妥该大陆船员之身分证或护照正本及识别证正本，供巡防单位查验。
3.已于该航次将大陆船员送返者：
渔船船主(或船长)应主动向巡防机关报告及缴交该大陆船员之识别证，并接受巡防机关查验。渔船船主(或船长)于巡防机关查验无误后，向巡防机关索取「雇用大陆船员渔船进港时未在船名单」(格式如附表二)副联，作为向所属渔会办理该大陆船员解雇离船之凭证。
(二)安检人员于执行受检渔船进港之查验时，应分别办理下列工作，并同时查验大陆船员之人数及身分是否与该受检渔船船主所雇用之大陆船员全数人数相符：
1.船上大陆船员系第一次随船进港且未领有识别证者：
查验该大陆船员之身分证及核对直辖市或县(市)政府所发之公函无误后，要求大陆船员应配合办理照相、建立指纹数据，并于核准名单之签章栏签章，将核准名单交由渔船船主(或船长)收执，及告知渔船船主(或船长)应办妥识别证后，大陆船员始得随该受检渔船出海。
2.船上大陆船员已领有识别证者：
查验该大陆船员所领之识别证正本与身分证或护照正本是否相符。
3.渔船船主(或船长)告知已将大陆船员送返者：
确认大陆船员不在船上后，向渔船船主(或船长)收回该大陆船员之识别证，并于「大陆船员未在船名单」之签章栏签章，将该名单副联交由渔船船主(或船长)收执。巡防机关于收回识别证后，将识别证转送所辖直辖市或县(市)政府注销。
4.安检人员查验受检渔船如发现下列问题，其办理事项如下：
(1)发现大陆船员之识别证已逾有效期限或遗失者：告知渔船船主(或船长)办妥换发识别证后，始得再随该受检渔船出海。
(2)发现受检渔船搭载未经申请许可进入台湾地区之大陆地区人民者：
依行政院核定之「查获我国渔船船主未依『台湾地区渔船船主境外雇用及接驳安置大陆地区渔船船员许可及管理办法』载运大陆船员进入境内水域之违规态样及处理原则」(以下称处理原则)样态一之程序处理。
(3)发现受检渔船搭载尚未经直辖市或县(市)政府核准许可雇用之大陆船员者：
依行政院大陆委员会核定之处理原则样态二或样态三之程序处理。
(4)发现大陆船员随身携带自用日常物品之品目或数量违反管理办法第十一条规定者：立即搜证及制作调查笔录，并依违规态样移送相关机关依法核处。
(5)发现大陆船员第一次进港未携带身分证件正本者：要求渔船船主(或船长)将该名无证件之大陆船员送返。
四、受检渔船出港时，其报验检查程序如下(流程如附图二)：
(一)渔船船主(或船长)应将所雇大陆船员全数随船搭载出港，并备妥备妥大陆船员之身分证或护照正本及识别证正本，将受检渔船靠泊于巡防机关指定之检查码头，供巡防机关查验。
(二)安检人员于执行受检渔船出港之查验时，应查验大陆船员之识别证正本、身分证或护照正本是否相符以及是否全数随船搭载出港。安检人员查验时，如发现下列问题，其办理事项如下：
1.发现船上有大陆船员尚未领有识别证或识别证已逾有效期限或遗失者：
(1)要求渔船船主(或船长)依管理办法第十三条第四项规定补办妥识别证后，该名大陆船员始得随船出海。
(2)倘渔船船主(或船长)执意将该名大陆船员搭载出海者，将违规事由搜证移送所辖直辖市或县(市)政府核处。
2.发现渔船船主(或船长)未将所雇用之大陆船员全数搭载出海者：
(1)该名大陆船员除因伤病住院，且依据本会订颁「大陆船员暂置岸置处所或渔港暂置区域外出就医管理注意事项」程序通报有案，并持有证明文件者外，安检人员要求渔船船主(或船长)提出举证说明，并即进行调查大陆船员去向。
(2)渔船船主(或船长)告知该名大陆船员已转雇至其它渔船者，安检人员告知渔船船主(或船长)须先至渔会办理完成大陆船员异动转雇手续，且新雇用之渔船需尚在港，在未完成转雇手续前，该名大陆船员仍应随受检渔船出港。
渔船船主(或船长)未配合仍执意出海者，将违规情形送所辖直辖市或县(市)政府核处。
(3)渔船船主(或船长)无法举证说明者，应即以大陆船员脱逃案件通报处理，并进行制作调查笔录，依处理原则之违规态样移送相关机关依法核处。
3.发现受检渔船搭载非该船所雇用之大陆船员者：
依处理原则样态十一之程序处理。
五、第三点第四款第一目有关安检人员要求大陆船员建立指纹资料规定，实施日期、方式由本会另行公告。
