第1条 本标准依加工出口区设置管理条例(以下简称本条例)第二十一条第二项规定订定之。
第2条 本条例第三条第二项所称在区内营业之事业，其管理费计收之分类如下：
一、区内事业所从事业务依中华民国行业标准分类，归属制造业者，以制造业费率计收；归属商业者(制造输出业除外)，以贸易业费率计收；归属运输、仓储及通信业者，以仓储运输业费率计收；归属专业、科学及技术服务业者，以服务业费率计收，其中归属顾问服务业者，以顾问服务业费率计收。
二、在区内设有分支机构之金融机构。
三、经经济部加工出口区管理处(以下简称管理处)认可之运送人。
四、经核准在区内投资兴建厂房、建筑物之公民营事业。
五、除金融机构、运送人及经核准在区内投资兴建厂房、建筑物之公民营事业以外之其它在区内设有营业或联络处所之事业。
第3条 本标准所称营业额包括销售收入、服务收入、佣金收入、工程收入、加工收入、租金收入、区内事业与其本公司、分公司货品或劳务之移转及其它归属公司营业收入等项目。
第4条 制造业管理费以全年(每年一月一日起至十二月三十一日止，以下同)营业额采下列累退费率按月计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收：
一、全年营业额新台币五十亿元(含五十亿元)以下者，按千分之二点三计收。
二、超过新台币五十亿元至一百亿元者，就其超过额按千分之二点二计收。
三、超过新台币一百亿元至二百亿元者，就其超过额按千分之一点九计收。
四、超过新台币二百亿元至五百亿元者，就其超过额按千分之零点九计收。
五、超过新台币五百亿元至九百亿元者，就其超过额按千分之零点五计收。
六、超过新台币九百亿元者，就其超过额按千分之零点四计收。
第5条 贸易业货物进区者，管理费以全年营业额采下列累退费率按月计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收：
一、全年营业额新台币十亿元(含十亿元)以下者，按千分之一点三计收。
二、超过新台币十亿元至四十亿元者，就其超过额按千分之一点一计收。
三、超过新台币四十亿元至一百亿元者，就其超过额按千分之零点九计收。
四、超过新台币一百亿元至二百亿元者，就其超过额按千分之零点七计收。
五、超过新台币二百亿元至三百亿元者，就其超过额按千分之零点五计收。
六、超过新台币三百亿元者，就其超过额按千分之零点三计收。
第6条 贸易业货物不进区者，管理费以全年营业额采下列累退费率按月计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收：
一、全年营业额新台币五十亿元(含五十亿元)以下者，按千分之零点四计收。
二、超过新台币五十亿元至一百五十亿元者，就其超过额按千分之零点三计收。
三、超过新台币一百五十亿元至二百五十亿元者，就其超过额按千分之零点二计收。
四、超过新台币二百五十亿元者，就其超过额按千分之零点一计收。
第7条 仓储运输业管理费按营业额千分之二计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收。
第8条 顾问服务业管理费按营业额千分之三计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收。
第9条 前条所称顾问服务业以外之服务业管理费按营业额千分之一点八计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收。
第10条 在区内设有分支机构而有营业额之金融机构，管理费按营业额千分之零点九计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收。
第11条 经管理处认可之运送人，管理费依所登记之车数，曳引车每车每月按新台币三百元计收，保税及一般营业卡车每车每月按新台币二百元计收，并均以新台币一千元为最低计费标准；超过此金额者，其管理费按实际车数计收。
第12条 依本条例第十一条第五项核准在区内投资兴建厂房、建筑物之公民营事业，管理费按所兴建之厂房、建筑物之销售营业额千分之一点五计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收。
第13条 除金融机构、运送人及经核准在区内投资兴建厂房、建筑物之公民营事业以外之其它在区内设有营业或联络处所之事业，管理费依租用面积或所在建筑物所有权状所载使用面积每平方公尺每月按新台币二十五元计收；其每月未达新台币九百元者，按九百元计收。
第14条 区内土地由土地所有权人依本条例第十一条第一项第三款规定自行开发且该区内之公共设施由土地所有人自行维护办理者，在该区内营业之区内事业，其管理费按第四条至第十条各业别收费标准减半按月计收；其每月未达新台币一万元者，按一万元计收。
第15条 区内事业及在区内设有分支机构而有营业额之金融机构，应自核准营业之日起，于每期终了之次月二十日前填具加工出口区区内事业营业额申报书，检附当期向税捐稽征机关申报之营业人销售额与税额申报书、营业人使用统一发票明细表、收据明细表及符合扣抵项目之证明文件等影本，自动向管理处或分处申报营业额，并应于当期终了之次月底前缴清管理费；区内事业与其本公司、分公司货品及劳务之移转，应于申报营业额时，另检附报单明细表或其它相关文件，以凭核计管理费。
经认可之运送人、在区内投资兴建厂房、建筑物之公民营事业及在区内设有营业或联络处所之事业，自核准设立之日起应缴管理处，至迟应于次月二十日前缴清。
区内事业及在区内设有分支机构而有营业额之金融机构，于核准公司解散登记、撤销或废止公司记或迁离加工出口区之当月起免缴管理费。
运送人、在区内投资兴建厂房、建筑物之公民营事业及在区内设有营业或联络处所之事业，自结束在区内营业或经撤销或废止其在区内营业之登记之当月起免缴管理费。
第16条 区内事业申报之营业额如属销货退回及折让、代收代付、发票误开、营业外之出售固定资产收入、废品下脚收入、六个月以内租金收入及区外资产租金收入，经检具足资证明文件者，得免计收管理费。
前项营业额如属代收代付项目，应俟年终公司办理结算申报时，按会计师审查之签证金额，检具相关文件办理退费。
第17条 规费之计收标准如下：
一、营利事业登记证费：每件新台币一千元。
二、工厂变更设立许可之审查费：每件新台币五千元。
三、工厂登记之审查及登记费：每件新台币五千元。
四、工厂变更登记之审查及登记费：每件新台币三千元。
五、工厂登记证照费：每件新台币二千元。
六、换发或补发许可函或工厂登记证：每件新台币二千元。
七、工厂登记抄录费或证明书费：每件新台币一千元。
八、工厂设立许可、登记或变更设立许可、登记经核驳者，免予收费。
九、动产担保交易登记费(含证书费)：每件新台币九百元。
一○、动产担保交易变更登记费(含证书费)：每件新台币四百五十元。
一一、动产担保交易登记查阅费(包括成本费及影印费)：每件新台币一百二十元。
一二、动产担保交易登记补发证书费：每件新台币一百二十元。
一三、电气技术人员登记证费：每件新台币四百元。
一四、建造或杂项执照费：按建筑物造价千分之一计收。
一五、产地证明书查证费：每件新台币二百元。
一六、再出口证明书费：每件新台币二百元。
一七、招牌广告树立广告申请许可证费：固着于建筑物墙面上面积未达一点二平方公尺者，每件新台币一百元；一点二平方公尺以上者，每件新台币一千元；旗帜每单位新台币一千元。
一八、营业或联络处所登记证费：每件新台币二百元。
第18条 服务费项目及计收标准如下：
一、办公时间外提供签证服务费：以每小时新台币二百元计收，未达一小时者以一小时计收；若逢假日，至少以四小时计收。
二、其它经核准之服务费项目包括出入证工本费、停车场停车费、短期场地维护费、长期场地维护费、医疗保健费、供应服务费、储运服务费、工业给水管理维护费等，依经济部核定之标准计收。
第19条 本标准所定各项费用应依缴款联单所规定之期限内缴纳。
第20条 本标准所定之各项收费项目，其征收应依预算程序办理。
第21条 自中华民国八十七年一月一日起施行。
本标准中华民国八十九年十二月二十八日修正条文自中华民国九十年一月一日起施行。
本标准中华民国九十一年六月十二日修正条文自中华民国九十一年七月一日起施行。
