关于合同纠纷问题！ 各位律师你们好！最近我正在辞职，因为公司在去年12月份送我去参加了一次培训，培训前跟公司签了一份培训专项合同，培训所有费用由公司出，考试通过后为公司服务5年，如果违约将赔偿公司违约金。（违约金合同上规定为：所有培训费用及证书费用、培训期间工资、保险、交通餐饮费）。现在由于证书尚未寄到，我因为个人原因提出辞职，也同意赔偿公司所有违约金。现在我让公司在赔付清单上注明等证件到厂后通知本人过来取证，但是公司不同意写，说等证书到公司后会扣留我的证书。请问这个合法么？我该如何去处理？