如果确实帮你代扣代缴了，有纳税证明，工资也是按照合同约定数额发放给你的，那没有问题，以个人名义转账给你也不违法。
如果没有按照约定发放工资，扣掉税款确没有给你缴纳，那么是违法行为。交易记录和短信等都可以作为证据使用。
建议协商解决,协商不成可以申请劳动仲裁,申请劳动仲裁应当在单位注册地的劳动仲裁委员会申请。也可以委托律师代为仲裁。
劳动仲裁时效为1年,自知道或应当知道侵权行为发生之日起计算.
如果有需要可以来电免费咨询，根据案情细节做出更准确解答。