过户手续应该是根据你与该房主签订合同之日开始计算的，如果你在签订买卖合同当时的条件不符合深圳当地规定的可以过户的买房条件，那么即便你去办了公证，到你办过户的时候，也可能无法过户。建议你具体咨询一下房管部门，具体问题就是“现在社保还不够一年，够一年的时候再来办理房产过户手续是否可以”，如果房管部门答复可以，那么你办不办公证都不影响。另外，你担心他的房子以后可能会有什么纠纷，建议你就此问题在你们的合同里面作详细具体的约定。