您好！根据您反映的情况，本律师初步判断如下：1、根据我国《房地产管理法》之规定，房产证上房产的性质可以分两种：一是注明共同所有，二是注明按份所有。2、根据您的情况，可以把申请变换房产证，注明第三层房屋的所有权归您，一、二层的所有权归他，双方之间属于按份所有。3、至于最后一个问题，房产证是否取消不是单方说了算，现在你是该房产共同共有人，房管局是不会在单方提出后就撤销您的名字。