你好，该协议有效，但只在买卖双方之间有效。但未进行工商变更登记，所以你亲戚仍然在法律意义上是股东。工商查只是了解企业的实际经营状况，与上税无关，是否上税是税务部门的事。在没有进行工商变更登记的情况下，大股东或法定代表人要代表公司履行一些义务和职责，建议在合适的情况下，把工商登记变更过来。

虽未登记，但合同不违法且处于双方当事人真实意思表示即有效，建议及时办理工商变更登记。后面的问题建议直接咨询工商行政管理部门和税务部门。