你不应该租违章建筑做厂房。你与房东之间所签的租房合同是无效的。
    房东将违章建筑出租，其对无效合同产生的后果应负主要责任，但你方未对房屋权证进行审核或明知承租房屋系违章建筑而使用该房屋，对无效合同产生的后果应负次要责任。故房东应对无效合同给你造成的损失承担相应的赔偿责任。若你方提出搬迁费用的赔偿问题，可让房东酌情赔偿。
    这是一次教训，以后切记不要租违建做厂房！

房东有义务保证其出租的房子的可出租性，即房子应当满足可以出租的所有条件。现在其是违章建筑，那么就是他违约。房东应当赔偿你的一切损失。但是你要对你的损失进行举证。如需帮助，可致电联系。

因此给你造成的损失你可以要求赔偿

协商不成的，通过诉讼途径解决。可以主张对你造成的实际损失的一部分。
详细可来电咨询。

依法起诉对方要求赔偿。

要求房东赔偿你的损失。可来电详细法律咨询。

关键问题，你当时知道这是违章建筑吗，如果你不知道，相应的赔偿由出租方承担。