最主要的区别是适用的阶段不同。撤回起诉适用于法院审理阶段，撤案适用于侦查阶段。另外，撤回起诉适用于所有已提起公诉的案件，检察院撤案适用于自己直接侦查的案件。在实体上的共同点，是都以发现不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人（犯罪嫌疑人）所为或者不应当追究被告人（犯罪嫌疑人）刑事责任为前提。

最主要的区别是适用的阶段不同。撤回起诉适用于法院审理阶段，撤案适用于侦查阶段。另外，撤回起诉适用于所有已提起公诉的案件，检察院撤案适用于自己直接侦查的案件。在实体上的共同点，是都以发现不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人（犯罪嫌疑人）所为或者不应当追究被告人（犯罪嫌疑人）刑事责任为前提。

撤回起诉是公诉机关的事情，撤销案件是侦查机关的事情。