应按村里规划时，规定核准的建造面积补偿，但对于加盖的楼层，如未到房屋管理部门，进行登记，可不予补偿。

应当按照实际面积赔偿。

建议你致电或者当面咨询律师。  

如果你的房子经过批准建设的话，应当按照全部面积补偿。如果没有经过批准建设3层，或者只批准了不到3层，对于未经批准加盖的部门，不予补偿。