部分有效，虽你母亲去世，但你父亲无权处分属于你母亲的份额。

如是你父亲个人所有房屋，协议有效。

这两套房中涉及你母亲的部分，应由你和你父亲、奶奶等继承人平均继承。你父亲无权就你所继承的部分立遗嘱。

你父亲处理了你母亲的部分，所以对于他的部分应该没有问题的，对于你母亲的部分属于无权处分。当然你和你奶奶们都在的情况下，没有其他继承人的基础上达成的一致的协议时有效的，视为对于你们继承的部分处理方式。