要到工商管理部门办理变更手续

首先召开董事会，出具个董事会决议选举丙为董事长兼法定代表人，然后到工商局进行变更。
这需要你配合变更，因为现在你是公司的法定代表人。

需要到工商部门办理变更手续，

不知道你所谓的把公司法人委托给乙的协议书内容是什么，按说是不会在工商局备案的。因为作为一个有限公司，法定代表人的产生是要依法定程序的。公司法定代表人是不能由某人委托给另一个人的。你说的情况，可能甲是公司的绝对控股股东，但也许按规定程序办理。委托某人办理法定代表人变更手续的委托书是会在工商局备案的。

不会留底

公司法定代表人的变更应按照公司法的规定进行。