协议有效。过户到你名下最好。

你父亲处分的也仅是属于你父亲的那部分产权比例，并不会是整套房屋。
最好是现在就过户到你的名下。

该协议有效，最好协议上面写把房子留给你，然后办理公证，退一步说即使协议上写不允许给双方侄子也要办理公证。
如果能把房子过户到你的名下就高枕无忧了。