根据你提供的情况，直接起诉上海日昌货物运输代理有限公司是不可以的，原因在于被告主体不符，也就是托运单上的名称与你诉状被告的名称不同。在这种情况下，法院不会受理。建议你取证，证明物流公司与货物运输代理公司是一个单位的不同叫法，这份证据要货物运输代理公司承认物流公司就是其本公司的别称，或者物流苏州分公司就是它的分公司，那个物流公司的印章货物运输代理公司认可。如此才可以起诉货物运输代理公司。