您好，自己垫款肯定是不应该的，债权债务关系发生在借款人和单位之间，你只是在工作中未尽到相应责任，最多属工作中有过错，给单位造成损失的话只需按工作规章制度处罚即可。假如自己垫款，可以按民事，即相当于单位将对借款人的债权转让给你，借款人还款时还给你，但得通知借款人；如果借款人触犯刑法按刑事的话，受害人是单位，由你处理起来有些不便。