建议与当地户籍管理部门联系 看是否有解决的方法 

你好！
   你朋友的妈妈与河南的丈夫是在1994年以前结婚的，那时的事实婚姻法律上是认可的，生的两个孩子也是婚生子女，当地政府应该给办理户口。现在妈妈带着孩子回到了新疆，孩子户口应当根据他们要定居的地方来定，如果要在新疆定居，就要由河南出具有关的证明文件，找定居地的公安机关协调解决。
    最近可抓紧时间看能不能利用人口普查的时机想办法解决。