我该以哪家公司作为诉讼主体
以A公司起诉。
问题已经弄得相当复杂,虽然你们名义上代表A公司,但是施工报件却是B公司,仅仅凭现在的证据来看,你们是实际施工人不假。如果工程已经竣工验收而且是合格的话,建议收集你们实际施工的证据证明你们是实际施工人,从而以你们自己的名义起诉为好。
情况比较复杂,建议当面咨询律师.