是这样的，如果合同明确约定是固定总价合同或包死价合同，且承包的范围是施工图纸上的全部内容，那么对你们公司就有点被动。但不论怎样，工程量清单是由甲方提供的，甲方应该对自己提供的清单数量或子目的准确性负责。根据你的表述，清单漏项200多万，如果要求你们公司来承担所有损失，显失公平。所以，我的意见是，首先看合同的相关约定；其次，如果合同的约定对你们公司不利，则以显失公平为由要求甲方进行补偿，并办理相应鉴证，如果甲方不同意，可以通过法律途径解决。