分红应当将成本费扣除。

是否合理要看股东决议及股东协议是怎么样约定的。
一般情况下，公司都有注册资本，所有股东都已经实际缴付。那么第一年赢利了，当然是在扣除第一年房租的情况下赢的利。第二年应当仍然以注册资本（也就是说公司原有的钱）出租金，再赢利。你公司大股东这是将赢利转为注册资本了，又没申请工商做增资，这是不合理的。
但如果股东决议认同或股东协议有相关约定就另当别论了。
具体情况，你对照下。