支付令申请后只要对方提出异议就作废，没什么实际异议，应该直接申请劳动仲裁。
工资应当按照合同约定发放, 且不得低于最低工资标准，北京市是1400元, 低于最低工资标准的，你可以要求补发。工资包括基本工资、奖金、津贴、提成等全部费用。拖欠或扣发工资、改变工资发放形式都是违法行为，你可以要求按照合同约定的方式全额发放，并要求单位支付拖欠工资50%的经济补偿。超过合同约定工资发放日15天以上算拖欠。
第十七条  劳动合同应当具备以下条款：
　　（一）用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；
　　（二）劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；
　　（三）劳动合同期限；
　　（四）工作内容和工作地点；
　　（五）工作时间和休息休假；
　　（六）劳动报酬；
　　（七）社会保险；
（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护；
（九）法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。
第十八条  劳动合同对劳动报酬和劳动条件等标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商；协商不成的，适用集体合同规定；没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。
单位有违法行为的情况下，你可以随时离职，不需要提前通知，单位应当为你办理离职手续, 包括结算工资、开具离职证明、办理户口、社保和档案的迁转等。
建议协商解决,协商不成可以申请劳动仲裁,申请劳动仲裁应当在单位注册地的劳动仲裁委员会申请。也可以委托律师代为仲裁。 
劳动仲裁时效为1年,自知道或应当知道侵权行为发生之日起计算.
当然，具体情况和最终处理方式，还需要根据案件详情和证据情况等来确定。如果你有需要可以拨打我的电话，为你进行免费咨询，以便根据本案细节做出更准确的解答。