你好，公司以实际综合计算工时制拒绝支付相应加班工资是违法的。劳动部《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》第62条规定，实行综合计算工时工作制的企业职工，工作日正好是周休息日的，属于正常工作日；工作日正好是法定节假日时，要依照《劳动法》第四十四条第三项的规定支付职工的工资报酬。

《劳动法》第四十四条第三项规定不低于工资300%发给加班工资。国庆是法定假日，应加班4个小时，应按不低于工资300%发给加班工资。如需帮助，请来电或者来函联系。