您好，按照合同约定是需要交赔偿金的，建议跟医院协商。

扣留职业资格证没有法律依据。
对于内部培训，要看是不单位付费的专业培训，还是岗前培训，对于后者，所谓服务期约定没有依据。
用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。如果只约定服务期而没有进行培训，对于员工没有约束力。

培训费引起的离职纠纷可以申请仲裁。

你好：申请补办

协商解决。

《劳动合同法》第二十二条  用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
培训协议中约定的4万相当于违约金，但是这个违约金对应的是5年的服务期。按照法律的规定，你现在要支付的违约金不得超过9个月的培训费用，也不得超过尚未履行的4年零1个月对应的培训费用。所以，一般你只需赔偿这9个月的培训费用即可。
《劳动合同法》第五十条  用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
所以，单位应当返还你的执业资格证，你也应该支付违约金。

建议申请仲裁，要求对方返还扣押的物品，也可以向当地劳动监察部门投诉。

《劳动合同法》第二十二条  用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
现在要看你在单位培训的性质，如果只是内部的培训，医院并无专门为你的培训支付过费用，一般不能要求承担违约金的，另外，如果是专业的培训，你未在服务期到来前即离职，确实应当分摊单位为你支付的培训年限的费用的。