你好，可以起诉该分公司要求其承担借款责任。法院可能会认定为表现代理而支持你的请求。
但具体能否得到法院的支持要看具体的借款签字人和其他证据

具体事宜可以来电咨询。希望对你有所帮助。
京昌团队  祝顺

分公司的负责人的行为属于表见代理，其行为代表公司，可以到法院起诉公司，会得到支持的，印章问题不影响案件的胜诉。如需办理请与我联系。
     北京魏国鹏律师 免费咨询电话：13121048109 
    中央电视台央视网《华人频道》节目嘉宾律师 
    中央人民广播电台《都市法宝》栏目嘉宾律师 

需要补充证据材料才可能追究公司责任。

借款单上的印章与分公司的印章不符，分公司肯定无需承担责任，该负责人构成合同诈骗。

报警解决

如果借款确实没有用于公司，已逃跑的分公司的负责人系利用借款合同进行诈骗。
刑法第二百二十四条规定有下列情形之一，以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，骗取对方当事人财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收产：（一）以虚构的单位或者冒用他人名义签订合同的；（二）以伪造、变造、作废的票据或者其他虚假的产权证明作担保的；（三）没有实际履行能力，以先履行小额合同或者部分履行合同 的方法，诱骗对方当事人继续签订和履行合同的；（四）收受对方当事人给付的货物、货款、预付款或者担保财产后逃匿的；（五）以其他方法骗取对方当事人财物的。

既然涉及刑事犯罪，应当由公安机关立案侦查，被骗款应由执法机关追缴后返还给你。

前面律师建议你以表见代理为由直接起诉公司要求还款，不是不可以，但在司法实践中有被法院驳回起诉的可能。其原因在于：最高人民法院《关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定》（1998．4．ZI 法释［1998］ 7号） 第十一条规定：人民法院作为经济纠纷受理的案件，经审理认为不属经济纠纷案件而有经济犯罪嫌疑的，应当裁定驳回起诉，将有关材料移送公安机关或检察机关。

本律师的意见是：1、先刑事报案，尝试通过刑事追缴挽回损失；
                2、刑事不立案或追缴不得再起诉公司。

建议找律师详细咨询，就你所说的，分公司和总公司是都不承担责任的，也不构成表见代理，但是你可以起诉在合同上签名的人。Q Q172409632

进一步固定证据，可以起诉

你可以起诉总公司，要求总公司承担分公司因表见代理行为带来的后果，而关于印章不符一事，你也可以用其他证据佐证，比如证明此人为分公司负责人等。如有需要请来电，以便详细解答。赵律师：13801393564