国家对于非农业户口在农村买房好像有禁止性的规定。但你父亲当初的房款已经交付是客观事实，这个不能否认的。至于房子乃至补偿款最终能否得到或者得到多少，只能根据具体的规定来确定。

案情较为复杂，建议及时委托律师帮助搜集足够的证据以证明房产归你父亲所有 。

你说的很荒谬，房管局的袋子里即使没有你父亲的证，也要有房产的其他书面文件，不可能是空的，而且房管局都有电子档案的，你父亲如果没有办理过户手续，是不可能发下房产证的，农村里最重要的是宅基地使用证或集体土地使用权证，不可能你们连这个也没有吧，除非你们一直是租住的，你们已经不是本村村民，是无权在村里买房子的。买房子，至少有个交款的收据吧。你们能提供吗？