大专生就业协议书涉及到违约金问题！ 我与用人单位签定了“普通高等学校毕业生就业协议书”（三方协议）,但是此协议中未提及到金钱的赔偿问题。

用人单位又另让我们签定了“毕业生就业补充协议书”，在第一项中就写“本协议期限与毕业生就业书相同，本协议是对就业的补充”此协议只有我和用人单位间的签名和盖章，并没有学校的盖章。

第六项中写着”甲乙双方应全面履行本协议已及毕业生就业协议书。自协议签订之日起至乙方毕业后正式到甲方报道前，一方解除本协议以及毕业生就业协议书不当或违反本协议以及毕业生就业协议书条款规定的，应承担向对方支付违约金人民币1000元整的违约责任。

现在我向用人单位辞职，他们向我要1000元的违约金。请问他们的做法合法吗？如果不合法，我应该怎么做？