不是原件一般不能在诉讼中作为证据使用。如果不涉及诉讼的话，只要对方认可就行。只要不是原件在别人手里，一般不会有什么不利的地方。除非涉及你们的商业秘密。

是否会有其他用途这个问题，你只能去问办事部门，有疑问当时就可以询问。他们扫描他们存储，他们想干什么别人怎么知道？至于会有什么不利贵公司的地方，还不好说，单纯的经济方面不会有什么实质影响，如果说涉及到某些违法行为，最有可能受影响的是贵公司的商业信誉。