能否回去办，办完后会带来什么麻烦？ 事情因果：

由于早期读书时，把户口迁到学校（估计迁出时，办事人员没有注销原户口）；毕业后户口回迁原地（重新立户，变为非农）；工作一段时间后又把新户口（非农）迁到深圳；现属深圳户口，但前几天原户口所在地派出所说没有办第二代身份，发通知到村委让我回去办第二代身份证，请问能回去办？很纠结希望有法律界人士帮忙解答，谢谢！

注：经查身份证号第5，6位不一样(一个是以前的县级代码，一个是现在的县级市代码),名称差不一个同音字。