房屋产权以登记为准，登记在谁名下产权就归谁所有。既然医院所用的办公大楼登记在对方妹妹的名下，那么产权应当归对方妹妹一人所有，和你们夫妻四个人都没有关系。因此根据你描述的情况，对你提出的问题解答如下： 我的补充： 2012-07-16 09:07

1，首先，关于房屋产权的问题。
房屋产权是指房产的所有者按照国家法律规定所享有的权利，也就是房屋各 项权益的总和，即房屋所有者对该房屋财产的占有、使用、收益和处分的权利。
那么我国房屋产权是以登记为准的，也就是说，登记在说名下，产权就归是谁所有，和其他都没有关系，法律只认登记。
因此，对于这个2800的办公楼来说，既然已经登记在对方妹妹名下，那么就应当归对方妹妹一人所有，你们夫妻四人对这栋房屋是没有任何权利的，对方妹妹可以讲该房屋作任意处置。
相关法律规定：
《物权法》
第九条 不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。
第十七条 不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。

2，关于你们和对方协议的问题。
法律规定，协议只要是双方自愿签订的，没有违法内容就是合法有效的。那么你们可以和对方签订协议，约定该房屋的真正归属。只要没有违法内容，自愿签订，那么协议有效，双方应当按照协议约定内容处理。
但这里必须说明的是，即便这样的协议是有效的，但也仅仅在你们双方内部有效，不能对抗善意第三人。也就是说，你们和对方妹妹签订协议，约定产权归你们所有，但对外对方妹妹还是有任意处分权，可以将该房屋出售、出租、抵押等，不需要经过你们四人同意，行为有效。而处分房屋后，只需要对你们承担违约责任即可。因为对方持有不动产登记证，是物权，而和你们之间的协议也只是债权，物权大于债权。
此外，不知道你们说的和对方签协议中，这个对方是谁，如果你是和对方的妹妹签订的协议，约定房屋中有你们的份额，那么就没问题，因为对方妹妹是所有权人。但如果你是和对方夫妻二人签订的协议，约定你们房屋的份额的话，那这样的协议无效。因为对方妹妹才是所有权人，对方夫妻和该房屋在法律上没有任何关系，你们和对方夫妻对该房屋都没有处分权，更没有权利约定相应的份额。也就是说，你们和对方夫妻的协议，处分了他人的财产，无效。

3，关于如何处理的问题。
方法一：
经过上述一番解释，不难看出，如果要确定房屋产权，最稳妥的办法就是将房屋登记在自己名下。那么既然你们夫妻有出资，为什么要将房屋登记在对方妹妹的名下呢？因此如果可以，建议将房屋变更到你们名下，这是最保险的方式。
方法二：
当然，如果无法变更到你们自己名下，你们可以讲该房产变更登记在医院名下，既然医院登记在你们夫妻四个人名下，那么医院下的房产，实际上还是归你们四人所有，也是有所保证的。
方法三：
此外，如果该房产是全款购买的，那么你们也可以不去掉对方妹妹的名字，只要增加你夫妻二人是共有人，按照出资比例注明共有份额即可。如果是贷款购买的这个方式就行不通了，因为贷款房屋无法办理增加共有人登记，只能贷款还清后才能办理。
方法四：
如果上述方式全都行不通，那么你们最好能和对方妹妹，也就是该房屋的产权人签订协议，约定该房屋你们夫妻二人的出资比例和你们对房屋所有权的份额，并将该协议作公证。当然，这个方式是有极大风险的，有公证协议仍然不能对抗善意第三人，所有这个方式是不得已为之，最后的选择。

以上几点是根据你描述的情况，对你提出的问题作出的简要解答，具体还需要根据案件详情确定，希望对你有所帮助。