这样的协议有效吗？要怎样做、？ 我是南宁市郊区人（以下间称甲方）与别人合资购买一艘手续齐全的运输船，总价280万元。
甲方岀资船舶价值的48.2%。
对方（以下间称乙方）岀资船舶价值的51.8%，船舶的产权人登记证书为甲、乙双方2人。
现由于其它原因，双方不能继续合作经营。经甲、乙协商，乙方同意甲方退出48.2%的全部股份，由乙方独资经营、管理，船舶按原买入价280万元计价。
由于种种原因，船舶的产权人登记证书不能及时注销、转户  
现甲、乙双方私下想写一份协议或经公证处公证，证明甲方已退股，并且乙方个人和乙方的运输船所产生的经济纠纷或债权、债务均与甲方无关。
请问这样的协议或公证受国家的法律、法规保护吗？又有什么办法解决这个纠纷？公证处的公证收费又是怎样计算的？