1.正确区分本罪与非罪的界限。明知发生犯罪事实或者明知犯罪人的去向，而不主动向公安、司法机关举报的行为，属于单纯的知情不举行为，不成立本罪。知道犯罪事实，在公安、司法机关调查取证时，单纯不提供证言的，也不构成本罪；但如果提供虚假证明包庇犯罪人，则成立包庇罪或伪证罪；如果拒不提供间谍犯罪证据，则成立相关犯罪。
2.正确区分本罪与事前有通谋的共同犯罪。窝藏、包庇行为是在被窝藏、包庇的人犯罪后实施的，其犯罪故意也是在他人犯罪后产生的，即只有在与犯罪人没有事前通谋的情况下，实施窝藏、包庇行为的，才成立本罪。如果行为人事前与犯罪人通谋，商定待犯罪人实行犯罪后予以窝藏、包庇的，则成立共同犯罪。因此，刑法第310条第2款规定，犯窝藏、包庇罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。在这种情况下，即使共同犯罪所犯之罪的法定刑低于窝藏、包庇罪的法定刑，也应以共同犯罪论处。
3.正确区分本罪与伪证罪。（1）本罪为一般主体；而伪证罪是特殊主体，只限于证人、鉴定人、记录人与翻译人。（2）本罪发生的时间没有限制；而伪证罪必须发生在刑事诉讼中。（3）本罪是通过使犯罪人逃匿或者采取其他庇护方法，使其逃避刑事制裁；伪证罪掩盖的是与案件有重要关系的犯罪情节。（4）窝藏、包庇的对象既可以是犯罪嫌疑人、被告人，也可以是受有罪宣告的犯罪人；而伪证罪所包庇的对象只能是犯罪嫌疑人、被告人。