在现实社会中，我们发现有不少非婚生子女，不知道自己的生父是谁。为了予以证明喝确认血缘关系，其生父则必须通过一定的法定程序。那么，该怎么保护非婚生子女的合法权益呢？
一、如何保护非婚生子女合法权益
如通过“亲子鉴定”的方式确认生父。确保非婚生子女享受到生父母双方的抚养教育及完整的亲情，以及基于身份而产生的其他权利。具体如何保护非婚生子女的合法权益，如下所述：
1、明确非婚生子女的生母和生父。因为只有明确非婚生子女的生父母，才能使其可能享有婚生子女同等的权利，生母或者生父任何一方的缺少，都使非婚生子女在事实上不可能享有与婚生子女同等的权利。在现实生活中，基于出生的事实，对非婚生子女生母的确定是准确的，但是，非婚生子女的生父是谁，如果其生父不自觉地承认，则必须通过一定的法定程序，予以证明和确认，如通过“亲子鉴定”的方式确认生父。确保非婚生子女享受到生父母双方的抚养教育及完整的亲情，以及基于身份而产生的其他权利。
2、禁止并打击一切危害、歧视未成年的非婚生子女的行为。在非婚生子女成年之前，由于生理和心理尚未发育成熟，因此，缺乏甚至没有自我保护的意识和能力。因此，国家应以法律强制力，社会应以道德规范和舆论的力量，保护未成年非婚生子女的人身和财产权利不受侵犯、人格尊严受到尊重，使非婚生子女真正与婚生子女具有同等的法律地位，严厉打击遗弃、虐待、溺婴等危害未成年非婚生子女生命安全和身心健康的犯罪行为。
3、强制非婚生子女的生父履行对非婚生子女的抚养、教育义务，直至该子女独立生活为止。同时，确保非婚生子女对生父的遗产继承权的实现。
4、建立和健全有关保护非婚生子女，尤其是未成年非婚生子女合法权益的亲属和法律制度，使非婚生子女合法权益的保护工作规范有序，落到实处。
二、非婚生子女怎么上户口
非婚生子女上户口的问题上，具体解决方法各地方各有不同，一般来说，非婚生子女上户口时除了要有出身证明以外，有的地区还需要有进行身份公证，此外，在需要生育证的地区，父母要先到户口所在地的街道计生办缴纳一定数额的社会抚养费(计划外生育罚款)、落实计划生育措施;之后才可以凭计生部门开出的证明到公安机关上户口。
《社会抚养费征收管理办法》 第三条规定：“不符合人口与计划生育法第十八条的规定生育子女的公民，应当依照本办法的规定缴纳社会抚养费。 社会抚养费的征收标准，分别以当地城镇居民年人均可支配收入和农村居民年人均纯收入为计征的参考基本标准，结合当事人的实际收入水平和不符合法律、法规规定生育子女的情节，确定征收数额。社会抚养费的具体征收标准由省、自治区、直辖市规定。”
由此可见，如通过“亲子鉴定”的方式确认生父。确保非婚生子女享受到生父母双方的抚养教育及完整的亲情，以及基于身份而产生的其他权利。