劫持航空器罪与暴力危及飞行安全罪的区别主要有四方面：

（1）客观行为不同。前者表现为使用暴力、胁迫或者其他方法劫持航空器；后者则表现为对航空器上的人员使用暴力。

（2）主观目的不同。前者的目的是劫持航空器，即控制航空器；后者的目的则是加害于对方的身体。

（3）构成犯罪的要求不同。前者为行为犯，以行为人实施完劫持航空器的行为为既遂；后者属危险犯，只要足以危及公共安全即为既遂。

（4）管辖原则不同。前者实行普遍管辖；后者不实行普遍管辖。